Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 48

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12820780	G-C	Homo
SBS	Chr1	24437879	C-T	HET
SBS	Chr1	24636343	G-A	HET
SBS	Chr1	25529806	T-G	HET
SBS	Chr1	2972300	A-G	HET
SBS	Chr1	39419376	G-A	HET
SBS	Chr1	39437009	G-A	HET
SBS	Chr1	39437010	C-T	HET
SBS	Chr1	41056176	A-T	HET
SBS	Chr1	4169727	T-G	HET
SBS	Chr1	4319037	A-G	HET
SBS	Chr11	3916045	G-A	Homo
SBS	Chr11	4778703	T-G	Homo
SBS	Chr12	13836027	A-C	HET
SBS	Chr12	13836032	G-A	HET
SBS	Chr12	20683998	C-T	HET
SBS	Chr12	23126469	G-T	HET
SBS	Chr12	25124708	A-C	HET
SBS	Chr2	13250750	G-A	Homo
SBS	Chr2	20542589	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g34330
SBS	Chr2	23348544	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os02g38630
SBS	Chr2	29574451	G-A	HET
SBS	Chr2	30237275	G-A	HET
SBS	Chr3	15239774	G-A	HET
SBS	Chr3	23417179	C-T	HET
SBS	Chr3	6348495	T-A	Homo
SBS	Chr3	8509471	C-T	HET
SBS	Chr4	18087458	G-C	HET
SBS	Chr4	20104508	T-C	HET
SBS	Chr4	28491706	T-A	HET
SBS	Chr5	13537109	C-A	Homo
SBS	Chr5	28391299	G-T	Homo
SBS	Chr6	16633843	T-C	Homo
SBS	Chr6	28179118	A-G	HET
SBS	Chr6	28179119	T-C	HET
SBS	Chr6	28928521	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g47800
SBS	Chr6	4139822	A-G	HET
SBS	Chr6	885004	A-C	HET
SBS	Chr6	965620	T-A	HET
SBS	Chr7	13061881	C-T	HET
SBS	Chr7	13207746	C-T	HET
SBS	Chr7	21582576	A-C	Homo
SBS	Chr8	16863266	C-T	HET
SBS	Chr8	22093930	G-A	HET
SBS	Chr8	4071805	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g07290
SBS	Chr8	7788777	T-C	HET
SBS	Chr9	17548174	G-A	HET
SBS	Chr9	17878185	C-A	HET

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	333275	333280	5
Deletion	Chr10	2174975	2174979	4
Deletion	Chr12	2260460	2260494	34
Deletion	Chr8	2370312	2370314	2
Deletion	Chr4	2872949	2873059	110
Deletion	Chr4	3849970	3849971	1
Deletion	Chr9	4499676	4499677	1
Deletion	Chr9	4547906	4547922	16
Deletion	Chr7	4900467	4900493	26
Deletion	Chr7	13439323	13439327	4
Deletion	Chr10	15287001	15318000	30999	7
Deletion	Chr2	15621714	15621716	2
Deletion	Chr12	19717001	19729000	11999	LOC_Os12g32670
Deletion	Chr3	20687449	20687456	7
Deletion	Chr5	27750385	27750386	1
Deletion	Chr5	28393481	28393483	2
Deletion	Chr6	30931412	30931421	9

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr2	21778686	21778686	1
Insertion	Chr4	8368902	8368902	1

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	15125506	15372391
Inversion	Chr12	15125509	15372405
Inversion	Chr5	29182072	29562552	LOC_Os05g50880

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr7	5740139	Chr1	10486467
Translocation	Chr5	13933298	Chr1	31269223
Translocation	Chr12	14085531	Chr6	14786014
Translocation	Chr10	15534737	Chr7	7220316
Translocation	Chr4	23938474	Chr3	5772805

Main menu