Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2438 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2438 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 59

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	34790682	C-T	Homo
SBS	Chr1	3664615	A-T	HET
SBS	Chr1	8097508	C-T	HET
SBS	Chr10	14095864	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g26850
SBS	Chr10	20578648	G-A	Homo
SBS	Chr10	20578649	T-A	Homo
SBS	Chr10	20578650	T-A	Homo
SBS	Chr10	5384461	G-A	Homo
SBS	Chr10	832888	C-T	Homo
SBS	Chr11	12942538	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g22530
SBS	Chr11	17143038	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g29540
SBS	Chr11	21397175	T-C	HET
SBS	Chr11	2623691	C-A	Homo
SBS	Chr11	6094778	G-A	HET
SBS	Chr12	11238463	T-A	Homo
SBS	Chr12	26604206	A-T	HET
SBS	Chr2	20950753	G-A	HET
SBS	Chr2	28356351	C-T	Homo
SBS	Chr2	29211592	G-T	HET
SBS	Chr2	34406693	C-T	Homo
SBS	Chr2	437586	T-C	HET
SBS	Chr2	4872712	T-A	HET
SBS	Chr2	9458070	G-A	HET
SBS	Chr3	15746664	T-A	Homo
SBS	Chr4	1086695	T-A	HET
SBS	Chr4	11152818	G-A	HET
SBS	Chr4	15884746	G-A	HET
SBS	Chr4	25112639	T-G	Homo
SBS	Chr4	25938262	G-A	Homo
SBS	Chr4	516781	G-C	HET
SBS	Chr4	7162623	T-C	HET
SBS	Chr4	8512645	T-C	HET
SBS	Chr5	12626457	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g22314
SBS	Chr5	18986507	G-A	HET
SBS	Chr5	19044866	A-G	HET
SBS	Chr5	23302715	G-T	HET
SBS	Chr5	29276302	C-T	HET
SBS	Chr6	12242615	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g21180
SBS	Chr6	13015442	T-G	HET
SBS	Chr6	17878662	C-T	HET
SBS	Chr6	27850710	G-A	HET
SBS	Chr6	4985829	G-A	HET
SBS	Chr7	25312166	A-T	HET
SBS	Chr7	25717066	G-A	HET
SBS	Chr7	3663345	C-T	HET
SBS	Chr7	9533505	C-A	HET
SBS	Chr7	9533507	C-T	HET
SBS	Chr8	11422544	T-G	HET
SBS	Chr8	15938484	T-A	Homo
SBS	Chr8	19101902	A-G	HET
SBS	Chr8	19352380	G-T	HET
SBS	Chr8	20842287	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g33410
SBS	Chr8	21196286	C-T	Homo
SBS	Chr8	27817736	C-T	HET
SBS	Chr8	3155910	T-G	Homo
SBS	Chr9	21622794	C-T	Homo
SBS	Chr9	21622797	A-T	Homo
SBS	Chr9	3882207	C-T	Homo
SBS	Chr9	6060794	G-T	HET

Deletions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	1586845	1586848	3
Deletion	Chr7	4045827	4045841	14
Deletion	Chr4	8169465	8169472	7
Deletion	Chr9	8953141	8953142	1
Deletion	Chr7	11799001	11920000	120999	19
Deletion	Chr6	12990075	12990076	1	LOC_Os06g22370
Deletion	Chr11	13277988	13277992	4
Deletion	Chr4	22905632	22905634	2
Deletion	Chr6	23746461	23746462	1	LOC_Os06g39920
Deletion	Chr8	27843492	27843493	1

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	5693285	5693286	2
Insertion	Chr3	17832414	17832420	7
Insertion	Chr4	15277970	15277970	1
Insertion	Chr6	15297191	15297192	2	LOC_Os06g26150

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	11758540	12320074	LOC_Os01g21070
Inversion	Chr1	11758544	12320072	LOC_Os01g21070
Inversion	Chr5	22028005	22281206
Inversion	Chr5	22028007	22281208

No Translocation

Main menu

You are here

Search Nipponbare