Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 35

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	26797364	G-T	Homo
SBS	Chr1	32448462	G-C	HET
SBS	Chr1	32718221	C-T	Homo
SBS	Chr10	11031643	A-G	HET
SBS	Chr10	4933873	G-A	HET
SBS	Chr10	872022	T-A	HET
SBS	Chr11	2235996	T-G	HET
SBS	Chr11	5262854	A-T	HET
SBS	Chr11	806147	A-T	HET
SBS	Chr12	11722205	A-G	HET
SBS	Chr12	1845284	G-T	HET
SBS	Chr12	21855336	C-G	HET
SBS	Chr2	15193628	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g25900
SBS	Chr2	16027731	G-A	HET
SBS	Chr2	33522854	T-A	HET
SBS	Chr4	11019859	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g19720
SBS	Chr4	12400455	T-A	Homo
SBS	Chr4	19086666	G-A	HET
SBS	Chr4	22782549	A-C	HET
SBS	Chr4	22782550	C-T	HET
SBS	Chr5	26643493	T-A	HET
SBS	Chr5	6020472	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g10870
SBS	Chr5	9365059	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g16500
SBS	Chr6	10566289	C-G	HET
SBS	Chr6	11187834	C-T	HET
SBS	Chr6	2030070	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g04650
SBS	Chr6	25164386	T-A	HET
SBS	Chr6	26952101	G-C	HET
SBS	Chr7	1099029	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g02950
SBS	Chr7	9188146	A-G	HET
SBS	Chr7	9820976	T-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os07g16740
SBS	Chr8	16037096	A-G	HET
SBS	Chr8	24854153	C-T	HET
SBS	Chr8	7318624	G-T	Homo
SBS	Chr9	19898955	G-C	Homo

Deletions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	2571072	2571073	1	LOC_Os04g05160
Deletion	Chr12	4686001	4745000	58999	11
Deletion	Chr5	5349910	5349917	7
Deletion	Chr12	8038001	8076000	37999	6
Deletion	Chr4	10562270	10562277	7
Deletion	Chr9	14106001	14265000	158999	21
Deletion	Chr9	14269001	14286000	16999	7
Deletion	Chr8	23571021	23571023	2
Deletion	Chr7	26815197	26815204	7
Deletion	Chr2	26949873	26949874	1

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	15758742	15758747	6
Insertion	Chr9	8031922	8031923	2

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	6125235	6658032	2
Inversion	Chr9	13729464	14457402	2
Inversion	Chr9	13729474	14376830
Inversion	Chr6	20771417	20771678
Inversion	Chr6	20771425	20791886
Inversion	Chr6	29635728	30419371

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	1197	Chr7	1263
Translocation	Chr8	1207	Chr2	151
Translocation	Chr6	5848073	Chr2	6446084	LOC_Os06g11150
Translocation	Chr6	5848724	Chr2	6447267	2
Translocation	Chr9	14104787	Chr7	9115973
Translocation	Chr9	14318459	Chr5	4175697	2
Translocation	Chr5	18227544	Chr1	14975601
Translocation	Chr11	18402825	Chr3	14392179	LOC_Os11g31490
Translocation	Chr4	19009554	Chr2	17021734

Main menu