Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 30

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	20290701	A-T	HET
SBS	Chr1	30743579	C-T	HET
SBS	Chr10	4797730	T-A	HET
SBS	Chr11	14645671	T-G	HET
SBS	Chr11	14790543	T-A	HET
SBS	Chr11	20318847	T-G	Homo
SBS	Chr11	27207021	T-G	HET
SBS	Chr12	21601502	G-A	HET
SBS	Chr12	24490814	A-G	HET
SBS	Chr12	8769411	G-A	Homo
SBS	Chr2	14289778	A-C	HET
SBS	Chr2	20163367	A-G	HET
SBS	Chr2	30403485	C-T	Homo
SBS	Chr2	32172582	G-A	HET
SBS	Chr3	366805	A-G	HET
SBS	Chr3	5274250	T-C	HET
SBS	Chr4	12528077	C-T	HET
SBS	Chr4	20318650	T-C	HET
SBS	Chr4	21719850	C-T	HET
SBS	Chr4	30055	G-A	Homo
SBS	Chr4	8123376	G-A	HET
SBS	Chr5	17868719	G-C	Homo
SBS	Chr6	12964630	G-A	Homo
SBS	Chr6	21667813	C-A	HET
SBS	Chr6	7040310	G-A	Homo
SBS	Chr7	10309947	T-C	HET
SBS	Chr7	13621939	A-T	HET
SBS	Chr8	20187899	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g32600
SBS	Chr8	9837386	G-A	HET
SBS	Chr9	2946770	C-T	Homo	STOP_GAINED	LOC_Os09g06280

Deletions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	9263574	9263576	2
Deletion	Chr3	18162770	18162776	6
Deletion	Chr9	20612179	20612181	2
Deletion	Chr5	25061512	25061513	1
Deletion	Chr6	30817001	30837000	19999	3

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	5091446	5091446	1	LOC_Os10g09440
Insertion	Chr3	3783478	3783479	2
Insertion	Chr4	1657037	1657038	2
Insertion	Chr8	23711518	23711519	2	LOC_Os08g37420
Insertion	Chr9	3260785	3260785	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	41126852	41170790	2

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	9797177	Chr4	3319608	2
Translocation	Chr8	16402952	Chr2	11764384
Translocation	Chr7	16928313	Chr4	6466726
Translocation	Chr10	22644004	Chr8	19749997	LOC_Os10g42100

Main menu