Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 39

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12659766	A-G	HET
SBS	Chr1	20453563	G-A	HET
SBS	Chr1	22138667	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g39330
SBS	Chr1	31264136	C-A	HET
SBS	Chr1	3316223	C-T	HET
SBS	Chr1	6360856	A-G	HET
SBS	Chr1	8901292	G-A	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os01g15800
SBS	Chr10	11563235	C-A	HET
SBS	Chr10	13342061	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g25750
SBS	Chr10	5844787	A-G	HET
SBS	Chr11	545990	T-C	HET
SBS	Chr12	11030803	G-T	HET
SBS	Chr12	23418688	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g38130
SBS	Chr12	23811784	T-C	HET
SBS	Chr12	627940	G-T	HET
SBS	Chr2	17650906	A-G	HET
SBS	Chr2	33994853	G-A	HET
SBS	Chr2	5183514	G-A	HET
SBS	Chr3	25888375	T-A	HET
SBS	Chr3	29494782	G-A	HET
SBS	Chr3	29944072	G-T	HET
SBS	Chr3	9382046	T-C	HET
SBS	Chr4	12352478	T-C	Homo
SBS	Chr4	12352481	C-T	Homo
SBS	Chr4	13175011	T-C	HET
SBS	Chr4	13832110	T-C	HET
SBS	Chr4	29230670	G-A	HET
SBS	Chr4	32258781	G-A	HET
SBS	Chr4	9374663	C-T	HET
SBS	Chr6	26803595	G-A	HET
SBS	Chr6	28735590	C-T	HET
SBS	Chr6	687282	G-T	Homo
SBS	Chr8	18695525	C-A	Homo
SBS	Chr8	20358169	G-C	Homo
SBS	Chr8	6166762	A-T	HET
SBS	Chr9	17416853	G-A	Homo
SBS	Chr9	3981918	C-G	HET
SBS	Chr9	504674	G-A	HET
SBS	Chr9	9862485	A-C	HET

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	4187174	4187175	1
Deletion	Chr2	4770001	4812000	41999	10
Deletion	Chr2	5705310	5705320	10
Deletion	Chr6	9936281	9936285	4
Deletion	Chr3	11380052	11380057	5
Deletion	Chr2	11798001	11898000	99999	17
Deletion	Chr2	11928001	11943000	14999	2
Deletion	Chr7	15751057	15751060	3
Deletion	Chr5	15968074	15968076	2
Deletion	Chr7	16877460	16877463	3
Deletion	Chr9	17354202	17354209	7
Deletion	Chr8	18363600	18363613	13
Deletion	Chr8	19110209	19110215	6	LOC_Os08g30950
Deletion	Chr9	21451001	21485000	33999	4
Deletion	Chr4	25092435	25092455	20
Deletion	Chr4	26077457	26077458	1

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	15943321	15943321	1

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	10279994	10514655	2
Inversion	Chr2	11712487	11807215
Inversion	Chr5	17111693	17122399	2
Inversion	Chr5	17111702	17122404	2

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	2254421	Chr11	22656765
Translocation	Chr11	4845282	Chr4	30958422
Translocation	Chr12	6716045	Chr2	4769890	2
Translocation	Chr12	6716051	Chr2	4770152	2
Translocation	Chr7	14033362	Chr6	19830632
Translocation	Chr7	15208573	Chr6	19832270	LOC_Os07g26440
Translocation	Chr12	24332920	Chr3	20216457

Main menu