Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 46

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	126522	G-T	HET
SBS	Chr1	12660095	C-T	HET
SBS	Chr1	17779466	A-T	HET
SBS	Chr1	17779467	A-T	HET
SBS	Chr1	18997702	T-A	HET
SBS	Chr1	30683047	C-A	HET
SBS	Chr1	40998261	G-T	Homo
SBS	Chr10	11866018	G-A	HET
SBS	Chr10	17899062	G-T	HET
SBS	Chr10	21784437	A-T	Homo
SBS	Chr10	4330238	A-G	HET
SBS	Chr12	10161138	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g17740
SBS	Chr12	13210706	C-T	HET
SBS	Chr12	14025658	A-T	HET
SBS	Chr12	2012310	G-A	HET
SBS	Chr12	21921616	C-A	HET
SBS	Chr12	24181668	G-T	HET
SBS	Chr12	27354011	G-A	HET
SBS	Chr12	3545200	T-C	HET
SBS	Chr2	27140871	G-A	HET
SBS	Chr2	35252782	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g57530
SBS	Chr2	5414288	C-T	HET
SBS	Chr2	8649397	G-A	HET
SBS	Chr3	18287280	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g31980
SBS	Chr3	21541323	T-G	HET
SBS	Chr3	23724140	A-G	HET
SBS	Chr3	29302770	G-T	HET
SBS	Chr3	9091817	A-G	HET
SBS	Chr4	13417958	G-A	HET
SBS	Chr4	19905347	G-A	HET
SBS	Chr4	22807544	T-A	HET
SBS	Chr4	27774200	C-T	HET
SBS	Chr4	3059581	G-T	Homo
SBS	Chr4	8295134	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g14780
SBS	Chr5	10175405	T-A	HET
SBS	Chr5	16962033	G-A	HET
SBS	Chr5	16962608	C-T	HET
SBS	Chr5	24811987	G-A	HET
SBS	Chr6	8293828	C-T	HET
SBS	Chr6	8432127	C-T	HET
SBS	Chr7	23214491	A-G	Homo
SBS	Chr7	24413986	T-G	Homo
SBS	Chr7	26262126	G-C	HET
SBS	Chr7	28097490	C-A	HET
SBS	Chr7	28097491	G-A	HET
SBS	Chr9	21717002	G-T	HET

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	968154	968155	1
Deletion	Chr9	5213948	5213958	10
Deletion	Chr1	8000409	8000412	3
Deletion	Chr8	10999001	11035000	35999	8
Deletion	Chr8	13509897	13509908	11
Deletion	Chr8	14249569	14249570	1
Deletion	Chr6	14861978	14861984	6
Deletion	Chr11	15112744	15112752	8
Deletion	Chr1	18057900	18057902	2
Deletion	Chr8	18798199	18798213	14
Deletion	Chr9	21872583	21872585	2	LOC_Os09g37930
Deletion	Chr3	28866241	28866243	2
Deletion	Chr2	31389129	31389149	20
Deletion	Chr3	33034477	33034490	13

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	19526477	19526477	1
Insertion	Chr3	21387216	21387216	1	LOC_Os03g38530
Insertion	Chr5	125269	125270	2
Insertion	Chr6	5718480	5718481	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	14636902	14648594
Inversion	Chr7	14636920	14648593

Translocations: 11

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	323086	Chr9	19136523
Translocation	Chr10	703211	Chr3	14654866	LOC_Os10g02120
Translocation	Chr10	703484	Chr3	14654860	LOC_Os10g02120
Translocation	Chr8	4306968	Chr6	25086846
Translocation	Chr8	6527020	Chr4	1144234
Translocation	Chr8	11000656	Chr7	4454812	LOC_Os08g17930
Translocation	Chr8	11000935	Chr7	4454812
Translocation	Chr11	19200649	Chr9	4333831
Translocation	Chr12	20507508	Chr6	4239077	LOC_Os12g33958
Translocation	Chr3	30217764	Chr2	34614753	2
Translocation	Chr3	30217765	Chr2	34614752	2

Main menu