Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 40

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	21442377	G-A	Homo
SBS	Chr1	24321039	A-T	HET
SBS	Chr1	27674562	A-G	HET
SBS	Chr1	2772763	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g05800
SBS	Chr1	33110199	T-C	HET
SBS	Chr10	19560152	C-T	HET
SBS	Chr11	10616631	A-T	HET
SBS	Chr11	23627656	G-C	HET
SBS	Chr12	13027663	T-C	HET
SBS	Chr12	21045300	C-A	HET
SBS	Chr2	10189574	G-A	Homo
SBS	Chr2	10257481	T-A	Homo
SBS	Chr2	29674425	C-T	HET
SBS	Chr2	33451235	T-A	HET
SBS	Chr2	35505453	T-A	HET
SBS	Chr2	35891624	A-G	HET
SBS	Chr3	1675907	T-C	HET
SBS	Chr3	16815899	G-A	HET
SBS	Chr3	2497033	C-T	HET
SBS	Chr4	10745948	C-T	HET
SBS	Chr4	23658453	G-A	HET
SBS	Chr5	5584529	C-T	HET
SBS	Chr6	15286086	G-T	Homo
SBS	Chr6	15286089	G-A	Homo
SBS	Chr6	26894985	C-T	HET
SBS	Chr6	29141468	G-A	HET
SBS	Chr6	8679776	A-C	HET
SBS	Chr6	9650749	G-A	Homo
SBS	Chr7	13302405	C-T	HET
SBS	Chr7	7426338	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g12940
SBS	Chr7	9065726	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os07g15630
SBS	Chr8	17923293	C-T	HET
SBS	Chr8	17925488	C-A	HET
SBS	Chr8	21905014	G-A	HET
SBS	Chr8	23965478	G-A	Homo
SBS	Chr8	25925564	C-A	Homo
SBS	Chr9	19035254	G-T	HET
SBS	Chr9	19939182	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g33760
SBS	Chr9	21870021	T-G	HET
SBS	Chr9	8677221	G-A	HET

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	3128921	3128927	6	LOC_Os02g06260
Deletion	Chr1	3461986	3461998	12
Deletion	Chr1	5444157	5444160	3	LOC_Os01g10350
Deletion	Chr10	7030556	7030558	2
Deletion	Chr4	7058774	7058776	2	LOC_Os04g12760
Deletion	Chr2	9443544	9443549	5
Deletion	Chr1	10612100	10612104	4
Deletion	Chr10	11085623	11085626	3
Deletion	Chr12	13454543	13454544	1
Deletion	Chr8	16900001	16936000	35999	5
Deletion	Chr8	16940001	16991000	50999	5
Deletion	Chr6	22390345	22390375	30	LOC_Os06g37830
Deletion	Chr12	23003174	23003175	1	LOC_Os12g37490
Deletion	Chr7	28979078	28979079	1
Deletion	Chr4	30330931	30330935	4

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	1947260	1947260	1
Insertion	Chr9	15540914	15540915	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	14799903	14857514	LOC_Os07g25760
Inversion	Chr7	14799914	14857522	LOC_Os07g25760

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr3	723916	Chr1	6279515	2
Translocation	Chr3	723924	Chr1	6278798	2
Translocation	Chr11	3114913	Chr8	15716639
Translocation	Chr5	5212055	Chr1	26217213	2
Translocation	Chr8	7210005	Chr4	6467110
Translocation	Chr11	29010103	Chr3	31102232

Main menu