Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 50

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	25177499	G-A	HET
SBS	Chr1	26805829	C-T	HET
SBS	Chr1	28962461	C-T	HET
SBS	Chr1	30665066	A-T	HET
SBS	Chr1	38589447	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g66470
SBS	Chr1	40306067	C-T	HET
SBS	Chr10	20830440	C-A	HET
SBS	Chr10	6151435	G-A	Homo
SBS	Chr10	9132429	C-T	Homo
SBS	Chr11	18778658	G-T	Homo
SBS	Chr11	20276565	G-T	Homo
SBS	Chr11	20278401	A-G	Homo
SBS	Chr11	3150644	C-T	HET
SBS	Chr11	8057968	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g14350
SBS	Chr12	15572998	C-T	Homo
SBS	Chr12	21738862	C-T	HET
SBS	Chr12	2262725	C-A	HET
SBS	Chr12	23203341	T-A	HET
SBS	Chr12	8536028	G-A	HET
SBS	Chr2	31930692	C-A	HET
SBS	Chr2	33965025	T-C	HET
SBS	Chr2	8862708	G-T	HET
SBS	Chr3	1342082	T-A	HET
SBS	Chr3	15303993	C-A	HET
SBS	Chr3	15804765	T-C	HET
SBS	Chr3	18699629	G-C	Homo
SBS	Chr3	24144638	A-G	HET
SBS	Chr4	2311966	G-A	HET
SBS	Chr4	26669641	C-A	HET
SBS	Chr5	24800513	G-A	HET
SBS	Chr5	27263446	C-T	HET
SBS	Chr5	27526706	T-C	HET
SBS	Chr5	3099347	G-A	HET
SBS	Chr5	6390429	C-T	HET
SBS	Chr5	8210743	G-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g14510
SBS	Chr6	14280865	T-C	HET
SBS	Chr6	15134547	T-C	Homo
SBS	Chr6	28019728	G-A	HET
SBS	Chr6	5406394	A-T	Homo
SBS	Chr7	12475818	T-A	Homo
SBS	Chr7	16752200	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g28620
SBS	Chr7	22785208	C-T	HET
SBS	Chr8	12141709	A-T	HET
SBS	Chr8	14024564	G-A	HET
SBS	Chr8	18875851	A-G	HET
SBS	Chr8	24067749	C-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g37980
SBS	Chr8	5735107	A-T	Homo
SBS	Chr9	12036449	G-T	HET
SBS	Chr9	19810582	T-A	HET
SBS	Chr9	5900494	G-A	HET

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	1628741	1628743	2
Deletion	Chr12	2027626	2027627	1
Deletion	Chr4	2603080	2603085	5	LOC_Os04g05210
Deletion	Chr11	2762904	2762906	2	LOC_Os11g05880
Deletion	Chr7	5301251	5301270	19
Deletion	Chr10	5832336	5832350	14
Deletion	Chr1	6259740	6259745	5
Deletion	Chr8	6590641	6590643	2
Deletion	Chr7	8300289	8300291	2
Deletion	Chr7	11251905	11251910	5
Deletion	Chr4	13265497	13265500	3	LOC_Os04g23250
Deletion	Chr8	21343971	21343977	6
Deletion	Chr2	24738784	24738794	10	LOC_Os02g40820
Deletion	Chr2	33180815	33180816	1
Deletion	Chr4	33929656	33929659	3	LOC_Os04g56910

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	12754169	12754170	2
Insertion	Chr11	581650	581661	12
Insertion	Chr12	11007901	11007902	2
Insertion	Chr12	20273415	20273416	2
Insertion	Chr8	27201068	27201068	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	27732070	28401648	2
Inversion	Chr11	27734982	28249119	2

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	5168861	Chr11	6458849
Translocation	Chr6	7521744	Chr3	25342952	2
Translocation	Chr9	8398286	Chr2	25035289
Translocation	Chr5	10026544	Chr4	3220859
Translocation	Chr9	19529882	Chr6	18133104	2

Main menu