Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 33

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13086621	C-T	HET
SBS	Chr1	27891997	G-A	HET
SBS	Chr1	29043680	C-A	HET
SBS	Chr1	8430482	A-G	HET
SBS	Chr1	8430483	G-A	Homo
SBS	Chr1	8430484	C-A	Homo
SBS	Chr10	9823306	G-A	Homo
SBS	Chr11	12565824	A-C	HET
SBS	Chr11	14465913	G-A	HET
SBS	Chr11	15956569	G-T	HET
SBS	Chr11	21554125	C-A	HET
SBS	Chr11	26099728	T-A	HET
SBS	Chr11	26303009	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g43590
SBS	Chr11	5306025	C-T	Homo
SBS	Chr11	5306034	G-A	Homo
SBS	Chr2	13112261	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g22050
SBS	Chr2	21905945	G-A	HET
SBS	Chr2	21905946	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g36280
SBS	Chr2	6897736	C-T	HET
SBS	Chr3	16844598	T-C	HET
SBS	Chr3	22134483	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g39780
SBS	Chr4	13698141	C-T	HET
SBS	Chr4	22247088	C-T	HET
SBS	Chr5	25187870	C-T	HET
SBS	Chr6	1451656	G-A	HET
SBS	Chr6	1451657	G-A	HET
SBS	Chr6	15128005	C-T	HET
SBS	Chr6	17244743	G-A	HET
SBS	Chr6	19730914	G-A	HET
SBS	Chr6	28044242	A-G	HET
SBS	Chr7	6476154	C-T	HET
SBS	Chr7	6543809	A-G	Homo
SBS	Chr7	8985118	A-G	Homo

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	1865778	1865779	1	LOC_Os01g04220
Deletion	Chr12	2800340	2800379	39
Deletion	Chr12	3019613	3019633	20
Deletion	Chr12	4992795	4992798	3
Deletion	Chr9	6290068	6290069	1
Deletion	Chr11	7368416	7368420	4
Deletion	Chr8	12489382	12489389	7	LOC_Os08g20800
Deletion	Chr8	13519550	13519563	13
Deletion	Chr8	13667625	13667627	2	LOC_Os08g22740
Deletion	Chr12	14989850	14989852	2
Deletion	Chr9	15498209	15498222	13
Deletion	Chr4	32475248	32475249	1
Deletion	Chr1	34173335	34173337	2
Deletion	Chr3	35620511	35620513	2

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	27829340	27829340	1
Insertion	Chr3	23133210	23133211	2
Insertion	Chr3	2456232	2456237	6
Insertion	Chr4	11446264	11446265	2
Insertion	Chr8	12465023	12465024	2

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	11441442	11758001
Inversion	Chr3	11441456	11758016
Inversion	Chr6	17245910	17257870	2
Inversion	Chr6	17245923	17257877	2

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	3873854	Chr6	18222096	2
Translocation	Chr12	4863134	Chr2	13966561	LOC_Os12g09280
Translocation	Chr9	7724187	Chr8	4667657
Translocation	Chr8	12109439	Chr2	9635747	LOC_Os08g20180
Translocation	Chr2	15670563	Chr1	6102436	LOC_Os02g26690
Translocation	Chr2	15670568	Chr1	6099437	LOC_Os02g26690
Translocation	Chr6	19245656	Chr4	11585411
Translocation	Chr3	24678380	Chr2	9608628
Translocation	Chr11	27725751	Chr7	22150392	LOC_Os11g45820

Main menu