Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 39

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12356948	A-C	HET
SBS	Chr1	12431167	C-T	Homo
SBS	Chr10	11350052	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g21980
SBS	Chr10	21737322	A-G	HET
SBS	Chr10	7441964	C-A	HET
SBS	Chr10	7441965	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g13700
SBS	Chr11	26851579	A-G	HET
SBS	Chr11	27105300	C-G	HET
SBS	Chr11	28448966	C-G	HET
SBS	Chr12	17479654	C-G	HET
SBS	Chr12	20759835	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g34240
SBS	Chr2	10684270	C-T	HET
SBS	Chr2	14945481	T-A	HET
SBS	Chr2	18485293	C-A	HET
SBS	Chr2	28335268	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g46480
SBS	Chr2	4325682	C-T	HET
SBS	Chr2	9932758	T-C	HET
SBS	Chr3	29599729	C-A	HET
SBS	Chr3	3784638	A-T	Homo
SBS	Chr4	13461263	G-A	Homo
SBS	Chr4	20378566	C-T	HET
SBS	Chr4	24893857	T-G	HET
SBS	Chr4	28618440	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g48080
SBS	Chr4	28618441	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g48080
SBS	Chr4	4051986	T-A	Homo
SBS	Chr5	21653460	C-T	Homo
SBS	Chr5	25455985	A-T	HET
SBS	Chr5	3286775	G-A	HET
SBS	Chr5	5179547	C-T	HET
SBS	Chr6	2603152	G-A	HET
SBS	Chr7	1031791	A-C	Homo
SBS	Chr8	1460843	T-C	HET
SBS	Chr8	25484182	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g40260
SBS	Chr8	7222506	T-C	HET
SBS	Chr8	7332717	T-C	HET
SBS	Chr8	9072415	A-T	HET
SBS	Chr9	11529668	G-T	HET
SBS	Chr9	19149595	T-G	HET
SBS	Chr9	19401640	G-T	HET

Deletions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Deletion	Chr1	5414582	5414589	7
Deletion	Chr3	11351879	11351885	6
Deletion	Chr8	11505427	11505429	2
Deletion	Chr5	14298746	14298753	7
Deletion	Chr1	19437479	19437481	2
Deletion	Chr3	35038702	35038706	4

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr5	11898000	11898000	1
Insertion	Chr7	19826341	19826342	2
Insertion	Chr7	21916097	21916098	2

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	4257726	4350329	2

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr6	1274673	Chr2	25354155	LOC_Os06g03330
Translocation	Chr5	2240504	Chr2	18761978
Translocation	Chr11	2785627	Chr3	16685673
Translocation	Chr4	3844939	Chr3	13382505
Translocation	Chr5	12331159	Chr2	18763920
Translocation	Chr12	16335297	Chr7	14323129	2
Translocation	Chr4	20317494	Chr1	16513483	2
Translocation	Chr5	20414639	Chr1	43066651
Translocation	Chr12	21033201	Chr6	14832833	2

Main menu