Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 45

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13199487	A-G	Homo
SBS	Chr1	41015946	A-G	HET
SBS	Chr1	42444985	C-T	Homo
SBS	Chr1	4396855	T-G	HET
SBS	Chr1	7141541	G-A	HET
SBS	Chr1	788325	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g02430
SBS	Chr10	10620733	G-A	HET
SBS	Chr10	16077033	C-T	HET
SBS	Chr10	266016	C-T	HET
SBS	Chr10	7986235	T-G	HET
SBS	Chr11	10108887	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g17990
SBS	Chr11	20050670	G-A	HET
SBS	Chr11	21606999	A-G	HET
SBS	Chr11	23378985	G-A	HET
SBS	Chr11	26485870	C-T	HET
SBS	Chr12	21339990	T-C	HET
SBS	Chr12	9638961	G-C	Homo
SBS	Chr2	17779364	G-A	HET
SBS	Chr2	28886470	T-G	HET
SBS	Chr2	33329356	T-C	HET
SBS	Chr3	19642978	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g35430
SBS	Chr3	26995450	C-T	HET
SBS	Chr4	14874036	G-A	Homo
SBS	Chr4	3447502	C-A	HET
SBS	Chr4	7528738	T-A	Homo
SBS	Chr4	8545820	G-A	HET
SBS	Chr5	1628488	G-A	HET
SBS	Chr5	29805864	G-C	HET
SBS	Chr6	21992600	A-C	HET
SBS	Chr6	22201000	C-T	HET
SBS	Chr6	25675807	G-C	HET
SBS	Chr6	8864767	C-A	HET
SBS	Chr7	13762351	T-C	HET
SBS	Chr7	16681631	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g28490
SBS	Chr7	29502714	G-T	Homo
SBS	Chr7	3145575	T-C	HET
SBS	Chr7	8991658	A-G	HET
SBS	Chr8	17018187	T-A	HET
SBS	Chr8	7683286	G-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os08g12920
SBS	Chr9	11219296	A-G	HET
SBS	Chr9	17097200	C-T	HET
SBS	Chr9	19968733	A-T	Homo
SBS	Chr9	5271313	C-T	Homo
SBS	Chr9	5576417	T-A	HET
SBS	Chr9	9808742	T-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g16060

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	3002964	3002973	9
Deletion	Chr11	4093429	4093442	13
Deletion	Chr7	4297578	4297579	1
Deletion	Chr6	8170342	8170345	3
Deletion	Chr8	8884956	8884964	8
Deletion	Chr2	10442727	10442728	1
Deletion	Chr4	11145276	11145279	3	LOC_Os04g19990
Deletion	Chr9	14555463	14555467	4
Deletion	Chr5	14650869	14650870	1
Deletion	Chr6	18076555	18076564	9
Deletion	Chr5	18501001	18839000	337999	52
Deletion	Chr3	24735353	24735355	2
Deletion	Chr6	24920818	24920823	5
Deletion	Chr11	26510454	26510467	13
Deletion	Chr4	33578426	33578427	1
Deletion	Chr1	40707735	40707740	5	LOC_Os01g70290

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr7	12157728	12157728	1
Insertion	Chr9	10103959	10103965	7

Inversions: 12

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	98484	98614
Inversion	Chr4	213989	214371
Inversion	Chr6	2472487	2472674	2
Inversion	Chr5	3112881	3112981
Inversion	Chr1	8090865	8090971
Inversion	Chr3	13277844	13277944
Inversion	Chr7	14893612	14893802
Inversion	Chr8	16968078	16968192	LOC_Os08g27840
Inversion	Chr8	18028373	18028584	LOC_Os08g29400
Inversion	Chr12	21304201	21304306	LOC_Os12g35000
Inversion	Chr3	35692469	35692828
Inversion	Chr3	35692473	35692826

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	2474541	Chr6	24981541
Translocation	Chr12	8402026	Chr6	13377163	2
Translocation	Chr11	22522480	Chr4	30603815
Translocation	Chr3	34029077	Chr1	28135809

Main menu