Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 47

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15285239	C-T	Homo
SBS	Chr1	29443000	G-T	HET
SBS	Chr1	9912967	C-A	HET
SBS	Chr10	10441457	T-G	HET
SBS	Chr10	17558421	G-A	Homo
SBS	Chr10	19297321	G-A	HET
SBS	Chr10	3361203	G-C	HET
SBS	Chr10	6068852	C-T	HET
SBS	Chr10	9294787	A-G	HET
SBS	Chr11	10120804	C-T	HET
SBS	Chr11	10355189	G-C	HET
SBS	Chr11	15857202	G-A	HET
SBS	Chr11	16988529	A-T	Homo
SBS	Chr11	16988531	A-T	Homo
SBS	Chr11	19289712	T-A	HET
SBS	Chr11	24001401	T-C	Homo
SBS	Chr11	25331717	T-A	Homo
SBS	Chr11	722117	C-T	HET
SBS	Chr12	1559665	C-T	Homo
SBS	Chr12	23788294	G-A	HET
SBS	Chr12	25468427	C-G	HET
SBS	Chr12	5691897	A-G	HET
SBS	Chr12	8784822	T-C	HET
SBS	Chr2	26304188	T-G	Homo
SBS	Chr3	13068437	C-A	HET
SBS	Chr3	18776042	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os03g32810
SBS	Chr3	36021755	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g63790
SBS	Chr4	10551583	C-T	Homo
SBS	Chr4	15362708	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g26340
SBS	Chr4	20058198	A-T	HET
SBS	Chr4	31634635	A-T	HET
SBS	Chr4	32362850	C-A	HET
SBS	Chr5	10155631	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g17640
SBS	Chr5	10155632	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g17640
SBS	Chr5	10155633	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g17640
SBS	Chr5	16587093	T-C	HET
SBS	Chr5	26777808	A-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g46170
SBS	Chr6	29397168	A-G	HET
SBS	Chr7	10557557	C-A	HET
SBS	Chr7	22752940	C-A	HET
SBS	Chr8	2029015	T-C	HET
SBS	Chr8	2029016	C-A	HET
SBS	Chr8	2029017	A-G	HET
SBS	Chr8	7005121	A-G	HET
SBS	Chr9	17330681	T-A	Homo
SBS	Chr9	5565326	T-C	HET
SBS	Chr9	6228135	G-A	HET

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	3128867	3128880	13
Deletion	Chr4	4942540	4942541	1
Deletion	Chr11	8101770	8102021	251	LOC_Os11g14430
Deletion	Chr9	13067001	13084000	16999	3
Deletion	Chr10	13372485	13372505	20
Deletion	Chr8	15633022	15633034	12
Deletion	Chr10	18076299	18076300	1
Deletion	Chr5	18706226	18706251	25
Deletion	Chr8	20811994	20812011	17
Deletion	Chr3	22689703	22689704	1
Deletion	Chr2	29597284	29597285	1

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	564749	564749	1

Inversions: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	3315900	3488757	2
Inversion	Chr8	4460897	4722277	LOC_Os08g07910
Inversion	Chr8	4460902	4728191	2
Inversion	Chr11	8375451	8375626
Inversion	Chr4	15989061	15989343	LOC_Os04g27020
Inversion	Chr9	19714032	19714247
Inversion	Chr4	28929400	28929508

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	3260895	Chr1	23512587	2
Translocation	Chr8	4722284	Chr2	15003764	2
Translocation	Chr8	4728182	Chr2	15003764	2
Translocation	Chr11	7073666	Chr7	17406846	2
Translocation	Chr11	16293497	Chr2	3315894	2
Translocation	Chr11	20332707	Chr1	11187924
Translocation	Chr7	26194229	Chr4	4570649	2

Main menu