Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 37

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1090685	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g02940
SBS	Chr1	15249498	A-T	HET
SBS	Chr1	24027694	A-T	Homo
SBS	Chr1	33490570	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g57930
SBS	Chr1	34833009	G-A	HET
SBS	Chr1	4483503	C-T	HET
SBS	Chr12	12521516	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g22210
SBS	Chr12	3446158	G-T	HET
SBS	Chr2	1221744	G-A	HET
SBS	Chr2	1221753	G-A	HET
SBS	Chr2	1669639	A-C	HET
SBS	Chr2	1920820	C-T	HET
SBS	Chr2	21768890	C-T	Homo
SBS	Chr2	22100720	G-C	HET
SBS	Chr2	31782781	G-C	Homo
SBS	Chr2	35461568	G-A	HET
SBS	Chr2	9803643	C-T	HET
SBS	Chr3	10509918	C-T	HET
SBS	Chr3	1983397	A-G	HET
SBS	Chr3	24983006	C-G	HET
SBS	Chr3	29420854	G-T	Homo
SBS	Chr3	32720589	G-A	HET	SPLICE_SITE_ACCEPTOR	LOC_Os03g57370
SBS	Chr4	13485835	G-T	HET
SBS	Chr4	16715327	C-G	HET
SBS	Chr4	27744879	T-C	HET
SBS	Chr4	30177252	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g50980
SBS	Chr4	32472185	G-T	HET
SBS	Chr4	32472186	C-T	HET
SBS	Chr5	11142713	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g19200
SBS	Chr5	24959191	A-T	HET
SBS	Chr5	24959192	A-T	HET
SBS	Chr6	20342837	C-T	HET
SBS	Chr6	7411453	C-T	Homo
SBS	Chr8	23514914	T-A	HET
SBS	Chr8	27759640	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g44080
SBS	Chr9	1690320	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g03420
SBS	Chr9	2160436	C-T	HET

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	13935849	13935883	34
Deletion	Chr4	18073946	18073952	6
Deletion	Chr2	19320001	19361000	40999	7
Deletion	Chr5	21481055	21481059	4	LOC_Os05g36230
Deletion	Chr3	23452657	23452659	2
Deletion	Chr11	24330661	24330667	6
Deletion	Chr6	26740118	26740120	2	LOC_Os06g44300
Deletion	Chr1	30126646	30126647	1	LOC_Os01g52430
Deletion	Chr3	34319632	34319636	4

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	21002192	21002192	1
Insertion	Chr11	25087720	25087720	1
Insertion	Chr3	13380250	13380250	1
Insertion	Chr8	6088575	6088637	63

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	1283264	1283594	2

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	16926020	Chr4	916298	2
Translocation	Chr8	17921490	Chr5	12103301	2
Translocation	Chr5	22184405	Chr2	30196158	LOC_Os05g37880
Translocation	Chr5	22184414	Chr2	30201849	LOC_Os05g37880

Main menu