Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2577-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2577-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 59

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1574054	C-T	HET
SBS	Chr1	2023122	C-A	HET
SBS	Chr1	15429679	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g27660
SBS	Chr1	17883410	T-A	HET
SBS	Chr1	40329601	T-C	HET
SBS	Chr2	8335629	A-G	HET
SBS	Chr2	11661178	G-A	HET
SBS	Chr2	22877775	A-C	HET
SBS	Chr2	35845480	C-A	Homo
SBS	Chr3	10202659	T-A	HET
SBS	Chr3	10428417	C-A	Homo
SBS	Chr3	19450058	G-C	HET
SBS	Chr3	20914379	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g37720
SBS	Chr3	33979755	A-C	Homo
SBS	Chr3	33979760	T-C	Homo
SBS	Chr4	6349439	T-C	HET
SBS	Chr4	8668382	G-A	Homo
SBS	Chr4	15306175	A-T	HET
SBS	Chr4	18603753	A-T	HET
SBS	Chr4	27595226	G-A	Homo
SBS	Chr5	3329350	G-T	HET
SBS	Chr5	4835900	A-G	HET
SBS	Chr5	8507068	A-G	Homo
SBS	Chr5	10484901	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g18230
SBS	Chr5	14748821	G-T	Homo
SBS	Chr5	19987397	C-G	HET
SBS	Chr5	24155190	C-T	HET
SBS	Chr6	6692348	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g12350
SBS	Chr6	7359034	G-T	HET
SBS	Chr6	7448196	G-A	HET
SBS	Chr6	11360176	C-T	HET
SBS	Chr6	12896874	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g22230
SBS	Chr6	22131596	T-C	Homo
SBS	Chr7	6136359	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g11110
SBS	Chr7	6136360	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g11110
SBS	Chr7	7844806	C-T	HET
SBS	Chr7	12952213	A-T	HET
SBS	Chr7	12952214	C-T	HET
SBS	Chr7	13680781	C-T	HET
SBS	Chr7	14337013	G-A	HET
SBS	Chr7	20010339	A-T	HET
SBS	Chr7	20011591	T-G	Homo
SBS	Chr7	23751834	C-T	HET
SBS	Chr8	1919319	G-T	Homo
SBS	Chr8	3066261	G-C	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os08g05710
SBS	Chr8	10589513	T-G	HET
SBS	Chr8	28241120	C-G	Homo
SBS	Chr9	9692478	T-A	HET
SBS	Chr9	17726780	C-T	HET
SBS	Chr9	18630776	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g30494
SBS	Chr10	1074884	G-A	HET
SBS	Chr10	7269030	G-A	HET
SBS	Chr10	16117989	C-T	HET
SBS	Chr10	22071567	G-A	HET
SBS	Chr11	19714800	T-G	Homo
SBS	Chr12	453869	G-A	Homo
SBS	Chr12	15613360	A-G	Homo
SBS	Chr12	16518732	A-G	Homo
SBS	Chr12	23809322	C-T	HET

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	5671722	5671723	1
Deletion	Chr3	8940556	8940558	2
Deletion	Chr5	9025758	9025760	2
Deletion	Chr5	11946945	11946961	16
Deletion	Chr12	12548720	12548726	6
Deletion	Chr2	14519494	14519495	1
Deletion	Chr7	15360519	15360520	1
Deletion	Chr12	15862010	15862021	11	LOC_Os12g27090
Deletion	Chr7	17374086	17374100	14
Deletion	Chr12	20827807	20827829	22
Deletion	Chr6	27835363	27835370	7
Deletion	Chr7	27934906	27934910	4
Deletion	Chr4	33954001	33990000	35999	7

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr2	35735831	35735831	1	LOC_Os02g58430

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	9031832	9031941
Inversion	Chr1	19131765	19985878	LOC_Os01g34690
Inversion	Chr1	19131771	19985885	LOC_Os01g34690
Inversion	Chr6	19325455	19860072	LOC_Os06g33190

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	12412167	Chr2	6371034	LOC_Os05g21110
Translocation	Chr10	13685211	Chr6	9639506	2
Translocation	Chr12	16335316	Chr7	3932748	2
Translocation	Chr4	18576994	Chr3	34252815
Translocation	Chr8	19395854	Chr7	13123577	2
Translocation	Chr12	27005786	Chr2	10461206
Translocation	Chr4	28614278	Chr3	1456364

Main menu

You are here

Search Results