Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 51

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13127290	C-T	HET
SBS	Chr1	14626095	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g25820
SBS	Chr1	20089362	G-A	Homo
SBS	Chr1	28561279	T-A	HET
SBS	Chr1	33720305	A-C	HET
SBS	Chr1	35461551	C-G	HET
SBS	Chr1	38863709	A-G	HET
SBS	Chr1	9521838	T-C	Homo
SBS	Chr10	18885603	C-A	HET
SBS	Chr10	3532844	T-C	HET
SBS	Chr10	7006276	G-A	HET
SBS	Chr10	7849650	A-G	HET
SBS	Chr11	13931781	T-C	HET
SBS	Chr11	15739419	G-A	Homo
SBS	Chr11	19407642	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g32850
SBS	Chr11	20729434	C-A	HET
SBS	Chr11	20769902	G-T	HET
SBS	Chr12	24166780	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g39260
SBS	Chr12	27148979	G-A	HET
SBS	Chr12	9199714	G-A	HET
SBS	Chr2	15399511	C-T	HET
SBS	Chr2	19428061	T-C	HET
SBS	Chr2	21386325	G-A	HET
SBS	Chr2	2856053	A-T	HET
SBS	Chr3	229737	T-C	HET
SBS	Chr3	23905192	C-G	HET
SBS	Chr3	27675728	C-T	Homo
SBS	Chr4	10835731	A-G	Homo
SBS	Chr4	1880618	A-G	HET
SBS	Chr4	25227473	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g42634
SBS	Chr4	26482476	A-G	HET
SBS	Chr4	33252417	A-G	HET
SBS	Chr4	6707856	A-G	HET
SBS	Chr4	9328806	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g17030
SBS	Chr5	22258444	A-G	HET
SBS	Chr5	27989576	G-T	HET
SBS	Chr5	28555251	G-C	Homo
SBS	Chr5	6927182	T-C	HET
SBS	Chr5	9692606	G-A	Homo
SBS	Chr6	12399739	C-A	HET
SBS	Chr6	14053862	G-T	HET
SBS	Chr6	2256434	C-T	HET
SBS	Chr6	26566901	G-C	Homo
SBS	Chr6	4022390	C-T	HET
SBS	Chr6	8308084	G-T	HET
SBS	Chr6	8308085	A-T	HET
SBS	Chr7	22302036	A-T	HET
SBS	Chr7	23265978	T-C	HET
SBS	Chr8	10588360	C-G	HET
SBS	Chr8	24435829	C-A	Homo
SBS	Chr9	5774228	C-T	HET

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	2134105	2134108	3
Deletion	Chr3	3049038	3049039	1	LOC_Os03g06090
Deletion	Chr9	5915112	5915124	12
Deletion	Chr4	8932613	8932614	1	LOC_Os04g16430
Deletion	Chr8	9978396	9978399	3
Deletion	Chr2	14159304	14159306	2
Deletion	Chr7	14665980	14665989	9
Deletion	Chr8	17736252	17736255	3
Deletion	Chr12	19199401	19199404	3
Deletion	Chr11	20132310	20132311	1
Deletion	Chr7	21501600	21501616	16
Deletion	Chr11	25326689	25326690	1
Deletion	Chr3	32551000	32551005	5
Deletion	Chr1	37906996	37907004	8

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	39444603	39444603	1
Insertion	Chr10	13742558	13742560	3
Insertion	Chr11	20063236	20063237	2
Insertion	Chr2	4741387	4741388	2
Insertion	Chr3	17533828	17533839	12
Insertion	Chr3	26613417	26613420	4
Insertion	Chr7	19027147	19027148	2

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	11057901	11058022	LOC_Os02g18930
Inversion	Chr6	16099410	16099521
Inversion	Chr1	34997900	34998016	LOC_Os01g60520

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	4926344	Chr7	6421522
Translocation	Chr8	15765299	Chr3	15248048	2
Translocation	Chr10	15921456	Chr7	28893537	2
Translocation	Chr10	15921464	Chr7	28893528	2

Main menu