Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 57

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	14497965	C-T	HET
SBS	Chr1	17164237	T-G	Homo
SBS	Chr1	17861099	T-A	HET
SBS	Chr1	21307269	G-A	Homo
SBS	Chr1	22246048	A-G	HET
SBS	Chr1	28720630	C-T	HET
SBS	Chr1	30329863	C-T	HET
SBS	Chr1	37778209	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g65080
SBS	Chr1	39381350	C-A	HET
SBS	Chr1	41757539	C-G	HET
SBS	Chr10	16839702	G-A	HET
SBS	Chr10	22068633	T-C	HET
SBS	Chr10	867568	A-C	HET
SBS	Chr10	9980715	C-T	HET
SBS	Chr11	15578848	G-C	HET
SBS	Chr11	210975	A-T	HET
SBS	Chr11	25275666	G-A	HET
SBS	Chr12	12610525	G-T	Homo
SBS	Chr12	12790755	G-T	HET
SBS	Chr12	13197792	T-G	HET
SBS	Chr12	15044630	C-A	HET
SBS	Chr12	16140448	G-T	HET
SBS	Chr12	21085357	A-G	HET
SBS	Chr12	4915827	A-C	Homo
SBS	Chr12	7210865	A-G	HET
SBS	Chr12	9937982	A-C	HET
SBS	Chr2	18803359	T-C	HET
SBS	Chr2	20426029	C-T	HET
SBS	Chr2	21317993	A-T	HET
SBS	Chr2	21830041	G-A	HET
SBS	Chr2	7991730	G-T	HET
SBS	Chr3	23441733	T-C	HET
SBS	Chr3	29652822	C-T	HET
SBS	Chr3	33701193	T-C	HET
SBS	Chr3	33920939	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g59580
SBS	Chr4	12031967	T-C	HET
SBS	Chr4	16979689	C-T	HET
SBS	Chr4	17400085	C-A	HET
SBS	Chr4	8818698	C-T	HET
SBS	Chr4	9245989	C-T	HET
SBS	Chr4	9245990	G-T	HET
SBS	Chr5	10763208	G-A	HET
SBS	Chr5	16699758	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g28510
SBS	Chr5	21862905	G-T	HET
SBS	Chr5	29179616	G-T	HET
SBS	Chr5	3265139	A-T	HET
SBS	Chr5	6527946	T-C	HET
SBS	Chr6	12277808	G-C	HET
SBS	Chr6	15218354	C-T	HET
SBS	Chr6	15222675	G-A	HET
SBS	Chr6	16845024	A-G	HET
SBS	Chr6	20454048	G-A	Homo
SBS	Chr7	3674497	T-C	HET
SBS	Chr7	9637318	T-C	HET
SBS	Chr9	16924137	T-C	HET
SBS	Chr9	6190342	G-A	HET
SBS	Chr9	8971087	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g14960

Deletions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	4928001	5185000	256999	39
Deletion	Chr8	8249495	8249515	20
Deletion	Chr12	10477001	10489000	11999	3
Deletion	Chr1	10733676	10733678	2
Deletion	Chr3	12073785	12073786	1
Deletion	Chr1	22329000	22329001	1
Deletion	Chr3	25248173	25248174	1
Deletion	Chr2	33701152	33701155	3	LOC_Os02g55010

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr4	10219462	10219462	1
Insertion	Chr4	1531121	1531123	3
Insertion	Chr8	12481418	12481418	1
Insertion	Chr8	15859020	15859020	1
Insertion	Chr9	15428300	15428303	4

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	22798301	23078983
Inversion	Chr12	22798319	23078983

Translocations: 19

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	6742848	Chr1	716196
Translocation	Chr10	7852146	Chr7	3695242
Translocation	Chr11	13257073	Chr4	10208539	2
Translocation	Chr9	13359246	Chr8	5038407	LOC_Os09g22070
Translocation	Chr3	16448154	Chr1	25435244
Translocation	Chr5	17111024	Chr3	23167834	2
Translocation	Chr12	18667591	Chr7	10080107
Translocation	Chr9	19529882	Chr6	18133104	2
Translocation	Chr12	21103559	Chr11	24219516	2
Translocation	Chr7	21153959	Chr3	18695239
Translocation	Chr9	22821460	Chr8	10066089
Translocation	Chr11	24217930	Chr3	31670609	LOC_Os11g40590
Translocation	Chr11	25151323	Chr4	33022791	2
Translocation	Chr11	25154208	Chr4	33022775	2
Translocation	Chr11	26895103	Chr5	5682691
Translocation	Chr12	27039795	Chr4	2226520	2
Translocation	Chr12	27039820	Chr2	7526584
Translocation	Chr11	28368113	Chr8	2141387	LOC_Os11g47150
Translocation	Chr3	33803755	Chr2	5772739

Main menu