Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2583-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2583-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 76

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	17336894	C-A	HET
SBS	Chr1	24550580	A-C	HET
SBS	Chr1	27027747	C-A	HET
SBS	Chr1	3804015	G-A	HET
SBS	Chr1	4833269	C-T	HET
SBS	Chr1	6602734	C-G	HET
SBS	Chr1	9451083	G-A	HET
SBS	Chr10	12488793	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g24380
SBS	Chr10	16340448	G-T	HET
SBS	Chr10	3308970	G-A	HET
SBS	Chr10	4726640	T-C	HET
SBS	Chr10	8802673	C-T	HET
SBS	Chr11	8821862	C-G	HET
SBS	Chr12	1360469	A-G	HET
SBS	Chr12	23657294	C-A	HET
SBS	Chr12	303901	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g01500
SBS	Chr12	8662854	C-T	HET
SBS	Chr12	8662856	A-G	HET
SBS	Chr2	14766577	C-T	HET
SBS	Chr2	15198824	C-G	HET
SBS	Chr2	19409541	A-G	HET
SBS	Chr2	29434708	C-T	HET
SBS	Chr2	31197018	G-T	HET
SBS	Chr2	34215943	G-A	HET
SBS	Chr2	4963963	A-T	Homo
SBS	Chr2	5710079	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g10790
SBS	Chr2	6951249	C-T	HET
SBS	Chr2	8952415	C-T	HET
SBS	Chr2	9388938	G-A	Homo
SBS	Chr3	17808701	A-T	HET
SBS	Chr3	19861301	C-T	HET
SBS	Chr3	27488528	T-A	HET
SBS	Chr3	27942215	C-T	HET
SBS	Chr3	32561407	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g57110
SBS	Chr3	34427427	G-T	HET
SBS	Chr3	5797897	G-A	HET
SBS	Chr4	12566420	T-A	HET
SBS	Chr4	28151187	G-A	HET
SBS	Chr4	29498642	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g49430
SBS	Chr4	29982430	G-A	HET
SBS	Chr4	7768785	T-C	HET
SBS	Chr4	8895581	G-A	HET
SBS	Chr5	11382103	C-T	HET
SBS	Chr5	2157761	G-C	HET
SBS	Chr5	27413929	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g47820
SBS	Chr5	29898627	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g52070
SBS	Chr5	3955950	G-T	HET
SBS	Chr5	6714836	C-T	HET
SBS	Chr6	11065887	C-T	HET
SBS	Chr6	11643008	C-A	HET
SBS	Chr6	14582375	G-T	HET
SBS	Chr6	17376354	C-T	HET
SBS	Chr6	21924057	C-T	HET
SBS	Chr6	25094689	A-G	HET
SBS	Chr6	26150573	C-A	HET
SBS	Chr6	26150574	G-A	HET
SBS	Chr6	28726491	C-T	HET
SBS	Chr6	8735457	G-T	HET
SBS	Chr7	12727227	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g22610
SBS	Chr7	13828211	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g24310
SBS	Chr7	20452741	C-T	HET
SBS	Chr7	25283477	C-T	HET
SBS	Chr7	7079888	G-C	HET
SBS	Chr8	16116017	T-A	HET
SBS	Chr8	19527798	A-T	HET
SBS	Chr8	22292760	T-G	HET
SBS	Chr8	4869838	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g08450
SBS	Chr8	608259	T-C	HET
SBS	Chr8	7775581	A-T	HET
SBS	Chr8	8004312	C-T	HET
SBS	Chr9	17875778	A-G	HET
SBS	Chr9	18984900	G-A	HET
SBS	Chr9	3523158	G-C	HET
SBS	Chr9	5012363	C-T	Homo
SBS	Chr9	8097618	T-C	HET
SBS	Chr9	8787954	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g14770

Deletions: 27

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	322189	322210	21	LOC_Os02g01570
Deletion	Chr3	2612107	2612117	10
Deletion	Chr7	2769658	2769660	2
Deletion	Chr8	6066930	6066941	11
Deletion	Chr8	6240437	6240448	11	LOC_Os08g10600
Deletion	Chr7	6521881	6521888	7
Deletion	Chr8	9010977	9010979	2
Deletion	Chr1	9870839	9870848	9
Deletion	Chr2	10014563	10014564	1
Deletion	Chr1	10267200	10267216	16
Deletion	Chr5	12074986	12074987	1
Deletion	Chr8	13689778	13689784	6
Deletion	Chr11	17347036	17347038	2
Deletion	Chr2	19539314	19539319	5
Deletion	Chr4	21877590	21877591	1
Deletion	Chr3	22074467	22074469	2
Deletion	Chr9	22493234	22493313	79
Deletion	Chr12	22586453	22586455	2
Deletion	Chr6	23686747	23686759	12	LOC_Os06g39870
Deletion	Chr5	24728867	24728880	13
Deletion	Chr11	25030848	25030854	6	LOC_Os11g41690
Deletion	Chr4	28327001	28370000	42999	8
Deletion	Chr6	29116612	29116620	8	LOC_Os06g48120
Deletion	Chr6	29467616	29467622	6
Deletion	Chr2	30102415	30102416	1
Deletion	Chr4	33167103	33167106	3
Deletion	Chr2	33869258	33869276	18

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	30352248	30352249	2
Insertion	Chr12	13553892	13553897	6
Insertion	Chr6	20321735	20321736	2
Insertion	Chr6	21303969	21303971	3
Insertion	Chr7	663464	663465	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	5752710	5855738	2
Inversion	Chr2	5752718	5855748	2

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	13766770	Chr7	26506253	2
Translocation	Chr6	22658312	Chr1	300011	LOC_Os06g38294

Main menu

You are here

Search Nipponbare