Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 47

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	18474741	G-A	Homo
SBS	Chr1	24858136	G-A	Homo
SBS	Chr1	28643025	T-A	Homo
SBS	Chr1	32805854	G-A	Homo
SBS	Chr1	7532638	C-T	HET
SBS	Chr10	16890741	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g32150
SBS	Chr10	18595751	A-G	HET
SBS	Chr11	10425494	G-A	HET
SBS	Chr11	25369070	G-A	Homo
SBS	Chr11	25369071	C-T	Homo
SBS	Chr12	10006557	G-T	HET
SBS	Chr12	142298	C-T	HET
SBS	Chr12	20073900	G-A	Homo
SBS	Chr12	24410230	T-A	Homo
SBS	Chr12	27400751	T-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g44170
SBS	Chr2	20341920	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g34040
SBS	Chr2	20554307	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g34350
SBS	Chr2	24654462	C-T	HET
SBS	Chr2	30114590	T-G	HET
SBS	Chr2	32819202	C-T	Homo
SBS	Chr2	6509402	G-T	HET
SBS	Chr2	7562007	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g13910
SBS	Chr3	18817260	A-G	Homo
SBS	Chr3	896359	G-A	HET
SBS	Chr4	15375903	G-T	HET
SBS	Chr4	19408114	C-T	Homo
SBS	Chr4	28026251	A-G	HET
SBS	Chr4	32934422	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g55360
SBS	Chr4	5216302	C-A	HET
SBS	Chr5	10330689	C-A	HET
SBS	Chr5	19673031	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g33490
SBS	Chr5	7981514	A-C	HET
SBS	Chr6	9691894	T-A	HET
SBS	Chr7	13397157	C-A	HET
SBS	Chr7	15750924	G-T	HET
SBS	Chr7	4188285	A-G	HET
SBS	Chr8	23102325	C-T	HET
SBS	Chr8	26372236	A-G	HET
SBS	Chr8	7695265	G-A	HET
SBS	Chr8	9753069	G-A	HET
SBS	Chr9	10463356	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g17080
SBS	Chr9	12152297	G-A	HET
SBS	Chr9	12681397	A-G	HET
SBS	Chr9	18336102	G-T	HET
SBS	Chr9	5291882	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g09770
SBS	Chr9	6610993	A-G	HET
SBS	Chr9	8750269	C-T	HET

Deletions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	2713369	2713370	1
Deletion	Chr9	4781481	4781482	1
Deletion	Chr5	6283066	6283069	3
Deletion	Chr3	11349347	11349355	8
Deletion	Chr1	13973794	13973813	19
Deletion	Chr5	14771817	14771831	14
Deletion	Chr11	16524575	16524583	8
Deletion	Chr2	22880317	22880327	10
Deletion	Chr5	27113934	27113945	11	LOC_Os05g46810
Deletion	Chr1	27727208	27727230	22
Deletion	Chr2	34941711	34941719	8
Deletion	Chr1	39304746	39304747	1

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr12	20073885	20073890	6
Insertion	Chr5	29103569	29103571	3
Insertion	Chr7	8345815	8345815	1

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr5	781283	1757801
Inversion	Chr10	16381339	16381970
Inversion	Chr10	16381347	16381973
Inversion	Chr12	27416523	27416638

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	24390072	Chr3	25692201	2

Main menu