Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 40

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12159399	G-A	HET
SBS	Chr1	19283913	G-A	HET
SBS	Chr1	26483793	G-A	HET
SBS	Chr1	33096893	G-T	HET
SBS	Chr10	11002936	G-A	Homo
SBS	Chr10	7344838	C-T	HET
SBS	Chr11	10007987	G-A	HET
SBS	Chr12	10474770	A-C	HET
SBS	Chr12	25135952	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g40610
SBS	Chr12	26520493	G-T	HET
SBS	Chr12	27446979	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g44280
SBS	Chr2	14876008	G-T	HET
SBS	Chr2	15381440	C-T	HET
SBS	Chr2	5208487	G-A	HET
SBS	Chr2	5208488	T-A	HET
SBS	Chr3	13419222	A-T	HET
SBS	Chr3	15541006	C-T	HET
SBS	Chr3	20008358	C-A	HET
SBS	Chr3	222338	C-T	Homo
SBS	Chr3	30686678	T-C	HET
SBS	Chr3	35927017	C-T	HET
SBS	Chr4	12622551	T-G	HET
SBS	Chr4	14661094	C-A	HET
SBS	Chr4	18481448	G-A	HET
SBS	Chr4	31763689	C-T	HET
SBS	Chr5	1034393	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g02860
SBS	Chr5	23201321	C-T	Homo
SBS	Chr5	24235160	C-T	Homo
SBS	Chr5	25606288	G-A	Homo
SBS	Chr5	25704994	T-G	Homo
SBS	Chr5	27542694	G-C	Homo
SBS	Chr5	3574468	C-T	HET
SBS	Chr5	6786011	G-A	HET
SBS	Chr6	12888957	G-A	HET
SBS	Chr7	10094352	G-A	HET
SBS	Chr8	10335649	C-T	HET
SBS	Chr8	16613971	G-T	HET
SBS	Chr8	2446083	C-T	HET
SBS	Chr8	6052626	T-C	HET
SBS	Chr9	10168024	T-C	Homo

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	2401787	2401788	1	LOC_Os06g05340
Deletion	Chr11	2865867	2865868	1	LOC_Os11g06040
Deletion	Chr8	3983001	4106000	122999	18
Deletion	Chr8	5793001	5810000	16999	LOC_Os08g10020
Deletion	Chr8	6935584	6935592	8	LOC_Os08g11830
Deletion	Chr12	9276001	9291000	14999	5
Deletion	Chr4	11611654	11611667	13
Deletion	Chr2	12537133	12537141	8
Deletion	Chr12	12935001	12952000	16999	2
Deletion	Chr8	15345643	15345655	12
Deletion	Chr11	17657342	17657344	2
Deletion	Chr3	19356751	19356752	1
Deletion	Chr6	20710859	20710864	5
Deletion	Chr2	23935139	23935151	12
Deletion	Chr2	26422490	26422512	22

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	21681306	21681307	2
Insertion	Chr12	770015	770016	2
Insertion	Chr4	19235670	19235672	3
Insertion	Chr8	26620647	26620648	2

Inversions: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	8921277	9180545	LOC_Os10g17650
Inversion	Chr10	8921281	9180554	LOC_Os10g17650
Inversion	Chr7	19373398	19373637
Inversion	Chr3	22792027	22807985	LOC_Os03g41000
Inversion	Chr3	22792040	22814778	LOC_Os03g41000
Inversion	Chr3	31080143	32059304
Inversion	Chr3	31088416	32059308

Translocations: 11

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	3937982	Chr7	4677348
Translocation	Chr8	3978541	Chr7	4677356
Translocation	Chr7	5478663	Chr3	22808158	LOC_Os07g10180
Translocation	Chr7	5478738	Chr3	22808224	LOC_Os07g10180
Translocation	Chr9	7424967	Chr7	9687391
Translocation	Chr6	10276126	Chr4	4241547
Translocation	Chr9	10734107	Chr8	4010222	LOC_Os09g17540
Translocation	Chr7	11272129	Chr3	31088403	LOC_Os07g19030
Translocation	Chr7	11272132	Chr3	31080158	LOC_Os07g19030
Translocation	Chr4	32485390	Chr2	26164279	LOC_Os04g54640
Translocation	Chr4	32485400	Chr2	26132646	LOC_Os04g54640

Main menu