Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 43

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	21665177	T-C	HET
SBS	Chr1	22213372	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g39420
SBS	Chr1	22273557	G-A	HET
SBS	Chr1	34742298	C-A	HET
SBS	Chr1	38738537	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g66690
SBS	Chr1	8796821	A-G	HET
SBS	Chr10	10793087	G-A	HET
SBS	Chr10	599012	T-G	Homo
SBS	Chr10	639834	A-T	HET
SBS	Chr10	9331813	A-T	HET
SBS	Chr11	10286058	G-A	Homo
SBS	Chr11	7109871	A-T	HET
SBS	Chr12	12683406	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g22470
SBS	Chr12	14747645	A-G	HET
SBS	Chr12	15004060	T-A	HET
SBS	Chr12	2183457	C-T	Homo
SBS	Chr2	22959704	C-T	HET
SBS	Chr2	34237311	A-T	HET
SBS	Chr3	10010302	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g17980
SBS	Chr3	26097824	C-T	HET
SBS	Chr3	30878714	C-T	HET
SBS	Chr3	32378327	T-C	HET
SBS	Chr3	8091501	G-T	HET
SBS	Chr4	12674939	T-A	HET
SBS	Chr4	1552834	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os04g03560
SBS	Chr4	1552835	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os04g03560
SBS	Chr4	19071899	G-A	HET
SBS	Chr5	23082853	C-A	HET
SBS	Chr6	13864731	G-A	HET
SBS	Chr6	25126397	T-C	HET
SBS	Chr6	27881313	A-G	HET
SBS	Chr6	29505563	G-A	HET
SBS	Chr6	9199740	C-T	HET
SBS	Chr7	18631993	A-G	HET
SBS	Chr7	21880380	A-G	HET
SBS	Chr7	243583	G-A	Homo
SBS	Chr7	9330879	T-G	HET
SBS	Chr7	9557866	C-G	HET
SBS	Chr8	10806723	G-A	Homo
SBS	Chr8	22056890	T-A	Homo
SBS	Chr8	3094516	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g05780
SBS	Chr8	3720284	C-T	HET
SBS	Chr8	6158408	C-A	HET

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	136001	332000	195999	32
Deletion	Chr5	1081021	1081022	1
Deletion	Chr8	6176925	6176958	33
Deletion	Chr2	10732106	10732116	10	LOC_Os02g18440
Deletion	Chr7	13291001	13306000	14999	3
Deletion	Chr9	14082296	14082308	12
Deletion	Chr5	14640226	14640230	4
Deletion	Chr2	19400671	19400673	2
Deletion	Chr5	21293539	21293544	5
Deletion	Chr3	23402052	23402070	18
Deletion	Chr2	25371038	25371039	1	LOC_Os02g42180
Deletion	Chr4	25905744	25905758	14
Deletion	Chr4	31104189	31104192	3

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	1402109	1402109	1
Insertion	Chr3	23439659	23439664	6
Insertion	Chr3	3797314	3797315	2
Insertion	Chr5	5207897	5207898	2
Insertion	Chr5	9802418	9802418	1
Insertion	Chr7	27604320	27604322	3	LOC_Os07g46260

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	13068082	13290639	2
Inversion	Chr7	13068085	13305929	LOC_Os07g23169

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr6	34044	Chr3	16882264	2
Translocation	Chr9	1204081	Chr6	13642310	LOC_Os09g02690
Translocation	Chr6	11260157	Chr2	20965814	2
Translocation	Chr6	11260164	Chr2	20969882
Translocation	Chr11	17890250	Chr9	4630672
Translocation	Chr12	23131820	Chr3	20082113
Translocation	Chr8	28403325	Chr7	4246450	2
Translocation	Chr4	32428686	Chr1	6174721

Main menu