Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 33

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	16833463	A-G	HET
SBS	Chr1	26362943	G-T	HET
SBS	Chr1	32345824	G-A	HET
SBS	Chr1	39536345	T-C	HET
SBS	Chr1	42622187	A-G	HET
SBS	Chr1	4579581	C-A	Homo
SBS	Chr1	5639664	A-T	HET
SBS	Chr11	10168303	C-T	HET
SBS	Chr11	17820696	T-C	HET
SBS	Chr12	1413272	G-A	Homo
SBS	Chr12	15004780	G-A	HET
SBS	Chr12	26702275	A-T	HET
SBS	Chr2	26449447	A-T	HET
SBS	Chr3	25758648	T-A	HET
SBS	Chr3	25758649	C-A	HET
SBS	Chr3	28880949	T-C	HET
SBS	Chr4	10117931	A-T	Homo
SBS	Chr4	27192905	A-G	HET
SBS	Chr4	27826563	T-C	HET
SBS	Chr4	28026878	T-A	HET
SBS	Chr4	33914598	C-T	HET
SBS	Chr4	8176096	G-A	HET
SBS	Chr4	8407759	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g14960
SBS	Chr5	14385251	G-T	HET
SBS	Chr5	19562468	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g33340
SBS	Chr5	29357068	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g51180
SBS	Chr6	14544536	C-T	HET
SBS	Chr6	20827336	C-T	HET
SBS	Chr6	31006966	T-C	HET
SBS	Chr7	10785356	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g18190
SBS	Chr7	10926661	G-A	HET
SBS	Chr7	8688061	G-C	Homo
SBS	Chr8	18575537	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g30220

Deletions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	2215589	2215592	3
Deletion	Chr8	5514393	5514401	8	LOC_Os08g09510
Deletion	Chr2	7962713	7962714	1
Deletion	Chr9	10297738	10297739	1	LOC_Os09g16860
Deletion	Chr9	11159032	11159122	90
Deletion	Chr8	12438142	12438158	16
Deletion	Chr2	13572380	13572382	2	LOC_Os02g22790
Deletion	Chr10	13687951	13687952	1	LOC_Os10g26370
Deletion	Chr1	14509762	14509841	79
Deletion	Chr8	17046460	17046461	1
Deletion	Chr2	23428943	23428944	1
Deletion	Chr6	29107110	29107111	1

Insertions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	16763248	16763250	3	LOC_Os01g29900
Insertion	Chr10	786991	787016	26
Insertion	Chr11	19870663	19870665	3	LOC_Os11g33970
Insertion	Chr11	27121482	27121484	3
Insertion	Chr2	7458562	7458566	5
Insertion	Chr4	21054090	21054091	2
Insertion	Chr4	7947891	7947891	1
Insertion	Chr5	13349123	13349125	3
Insertion	Chr5	13911066	13911066	1
Insertion	Chr5	20685291	20685301	11
Insertion	Chr6	24860355	24860355	1
Insertion	Chr9	13367940	13367941	2

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	10501048	11408995

Translocations: 10

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	724907	Chr3	31273254
Translocation	Chr12	2109665	Chr1	21587460	2
Translocation	Chr11	13473833	Chr8	13039096	2
Translocation	Chr11	14753919	Chr6	9352430
Translocation	Chr4	22547312	Chr1	7916875
Translocation	Chr12	24332920	Chr3	20216537
Translocation	Chr7	25059110	Chr6	13910455
Translocation	Chr7	25210377	Chr3	9460102
Translocation	Chr6	26756942	Chr3	31579187	LOC_Os06g44320
Translocation	Chr6	26756958	Chr3	31579028	LOC_Os06g44320

Main menu