Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2597-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2597-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 63

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	17665097	C-T	HET
SBS	Chr1	17888095	C-T	HET
SBS	Chr1	23541879	A-G	HET
SBS	Chr1	25061217	G-A	HET
SBS	Chr1	34120594	A-G	HET
SBS	Chr1	41315762	G-A	HET
SBS	Chr1	9404844	G-A	HET
SBS	Chr10	17700249	C-A	HET
SBS	Chr10	19891791	A-G	Homo
SBS	Chr10	4044289	G-A	HET
SBS	Chr10	4044290	G-A	HET
SBS	Chr10	4222896	G-C	HET
SBS	Chr10	4783811	A-G	HET
SBS	Chr10	5384461	G-A	Homo
SBS	Chr10	8129802	C-T	HET
SBS	Chr11	12998913	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g22600
SBS	Chr11	28129455	A-G	HET
SBS	Chr11	28690765	C-G	HET
SBS	Chr11	3910492	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g07650
SBS	Chr12	10816741	G-A	HET
SBS	Chr12	7187970	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g12970
SBS	Chr12	7187971	G-T	HET
SBS	Chr2	18704727	T-A	HET
SBS	Chr2	27148022	A-C	HET
SBS	Chr2	27615608	T-A	HET
SBS	Chr2	32719836	T-G	HET
SBS	Chr3	14372758	C-A	HET
SBS	Chr3	20052203	G-A	HET
SBS	Chr3	32589428	G-A	HET
SBS	Chr3	4163767	T-G	HET
SBS	Chr3	6414708	G-A	Homo
SBS	Chr3	7253616	C-A	HET
SBS	Chr4	15496832	C-T	HET
SBS	Chr4	16327853	C-G	HET
SBS	Chr4	1955081	T-C	HET
SBS	Chr4	30336018	C-T	HET
SBS	Chr4	32705236	C-T	HET
SBS	Chr4	34594279	G-A	HET
SBS	Chr4	6328802	G-A	HET
SBS	Chr4	8961623	G-A	HET
SBS	Chr5	18780286	G-A	HET
SBS	Chr5	20913249	A-C	HET
SBS	Chr5	22290772	G-A	HET
SBS	Chr5	24403020	A-G	HET
SBS	Chr5	26678084	T-A	HET
SBS	Chr5	8567957	G-A	HET
SBS	Chr6	12242615	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g21180
SBS	Chr6	25323260	C-A	HET
SBS	Chr6	27361518	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g45270
SBS	Chr6	29064918	T-A	HET
SBS	Chr6	6532982	G-A	Homo
SBS	Chr7	13890751	C-T	HET
SBS	Chr7	18889974	A-G	Homo
SBS	Chr7	18889975	A-T	Homo
SBS	Chr7	21737095	T-G	HET
SBS	Chr7	27179346	G-T	HET
SBS	Chr7	9241995	G-A	HET
SBS	Chr8	14892455	G-T	HET
SBS	Chr9	11344302	C-A	HET
SBS	Chr9	13033388	T-C	HET
SBS	Chr9	20159504	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g34150
SBS	Chr9	21264419	T-C	HET
SBS	Chr9	4307625	C-A	HET

Deletions: 21

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	8840801	8840806	5
Deletion	Chr3	9431096	9431097	1
Deletion	Chr12	11709001	11838000	128999	14
Deletion	Chr12	12807732	12807738	6
Deletion	Chr10	14975595	14975596	1
Deletion	Chr12	15436625	15436626	1
Deletion	Chr7	15615001	15629000	13999	4
Deletion	Chr5	18732001	18755000	22999	4
Deletion	Chr10	19721612	19721618	6
Deletion	Chr9	21689475	21689491	16
Deletion	Chr12	21792566	21792572	6
Deletion	Chr5	22615001	22666000	50999	13
Deletion	Chr4	24345877	24345879	2
Deletion	Chr7	27615617	27615623	6	LOC_Os07g46280
Deletion	Chr11	27654217	27654232	15	LOC_Os11g45710
Deletion	Chr7	28246719	28246720	1
Deletion	Chr5	28859164	28859168	4
Deletion	Chr5	29702144	29702152	8
Deletion	Chr2	34468001	34525000	56999	10
Deletion	Chr2	34527001	34547000	19999	4
Deletion	Chr2	34549001	34608000	58999	8

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	10527807	10527807	1
Insertion	Chr11	18135498	18135537	40
Insertion	Chr12	25219174	25219175	2
Insertion	Chr2	12125510	12125557	48
Insertion	Chr5	19817425	19817425	1
Insertion	Chr9	17055483	17055483	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	11711022	11839438
Inversion	Chr12	11837309	11839442

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	6127676	Chr5	754978	2
Translocation	Chr9	8294683	Chr2	16818162
Translocation	Chr5	10844153	Chr3	25789738	LOC_Os05g18720
Translocation	Chr3	14688079	Chr1	3012894

Main menu

You are here

Search Nipponbare