Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 39

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	20210508	A-G	HET
SBS	Chr1	26702659	T-C	HET
SBS	Chr1	5807467	G-A	HET
SBS	Chr10	3149683	C-T	Homo
SBS	Chr11	14164428	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g24840
SBS	Chr11	8512190	C-G	HET
SBS	Chr12	11321773	C-T	HET
SBS	Chr12	18716270	C-G	Homo
SBS	Chr12	19338064	T-C	HET
SBS	Chr12	25118532	A-G	HET
SBS	Chr12	5218425	G-A	HET
SBS	Chr2	14653826	C-A	HET
SBS	Chr2	24947848	T-C	HET
SBS	Chr2	2951075	G-C	HET
SBS	Chr3	23218774	A-G	Homo
SBS	Chr3	23397017	C-T	HET
SBS	Chr3	31351250	C-A	HET
SBS	Chr3	33353143	A-T	HET
SBS	Chr3	5424274	A-C	Homo
SBS	Chr4	11751300	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g20940
SBS	Chr4	1468273	T-C	HET
SBS	Chr4	22401918	C-T	HET
SBS	Chr4	9392478	C-G	HET
SBS	Chr5	11813285	G-A	HET
SBS	Chr5	27114453	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g46810
SBS	Chr5	29891861	C-T	HET
SBS	Chr6	25235374	T-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g42020
SBS	Chr6	29445402	T-C	HET
SBS	Chr6	3292372	G-A	Homo
SBS	Chr7	28520027	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g47740
SBS	Chr7	3999900	C-T	Homo
SBS	Chr7	8924080	G-A	HET
SBS	Chr7	9084883	T-C	Homo
SBS	Chr7	9214351	G-T	HET
SBS	Chr8	1411741	C-A	HET
SBS	Chr9	13626653	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g23070
SBS	Chr9	4995555	T-C	HET
SBS	Chr9	5534688	G-A	HET
SBS	Chr9	8041759	A-G	HET

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	982852	982857	5
Deletion	Chr6	1453901	1453907	6
Deletion	Chr1	4446851	4446856	5	LOC_Os01g08850
Deletion	Chr12	4769535	4769550	15
Deletion	Chr10	4847992	4848006	14	LOC_Os10g08960
Deletion	Chr3	5128076	5128077	1
Deletion	Chr7	7023960	7023962	2
Deletion	Chr5	7051244	7051257	13
Deletion	Chr3	7878580	7878583	3
Deletion	Chr10	12158976	12158978	2
Deletion	Chr12	13083986	13083987	1	LOC_Os12g23130
Deletion	Chr5	13991958	13991976	18
Deletion	Chr9	19236770	19236786	16
Deletion	Chr10	21652870	21652871	1
Deletion	Chr7	28370347	28370355	8
Deletion	Chr3	33257332	33257346	14
Deletion	Chr2	35128692	35128697	5

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	12684453	12684462	10
Insertion	Chr6	5213412	5213427	16

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	8077682	8367144
Inversion	Chr3	8077685	8367149

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	896357	Chr1	41680023	2
Translocation	Chr8	903055	Chr1	41680034	2
Translocation	Chr8	10974892	Chr1	3633806	2
Translocation	Chr10	18634800	Chr8	27836248	2

Main menu