Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 49

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	17696677	G-A	HET
SBS	Chr1	18004915	C-T	HET
SBS	Chr1	1966096	T-A	Homo
SBS	Chr1	28693861	A-T	Homo
SBS	Chr1	9990953	C-T	Homo
SBS	Chr10	17399453	A-T	HET
SBS	Chr10	385422	C-A	HET
SBS	Chr11	10490921	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g18580
SBS	Chr11	13313335	A-G	HET
SBS	Chr11	15313311	G-C	HET
SBS	Chr11	17223772	A-T	HET
SBS	Chr11	1802593	G-A	HET
SBS	Chr12	10022136	C-T	HET
SBS	Chr12	10173780	C-A	HET
SBS	Chr12	12099665	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g21510
SBS	Chr12	19955582	C-T	HET
SBS	Chr2	14829933	G-T	HET
SBS	Chr2	14886690	G-T	HET
SBS	Chr2	14886691	A-T	HET
SBS	Chr2	17321643	A-G	HET
SBS	Chr2	2496646	C-A	HET
SBS	Chr2	34410052	G-A	HET
SBS	Chr2	35372097	C-T	HET
SBS	Chr2	7135924	A-G	HET
SBS	Chr2	9684690	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g16970
SBS	Chr3	11703825	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g20690
SBS	Chr3	12109152	A-T	HET
SBS	Chr3	28220534	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g49550
SBS	Chr3	31636102	T-C	HET
SBS	Chr4	10724103	C-T	HET
SBS	Chr4	12576139	A-G	HET
SBS	Chr4	21634026	C-G	Homo
SBS	Chr4	23205270	C-T	Homo
SBS	Chr5	13399735	T-A	HET
SBS	Chr5	13399737	T-A	HET
SBS	Chr5	24256340	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g41420
SBS	Chr5	28639847	T-C	Homo
SBS	Chr5	29685310	G-A	HET
SBS	Chr5	7539250	C-T	HET
SBS	Chr6	12061260	T-C	Homo
SBS	Chr6	13568548	G-A	Homo
SBS	Chr6	26285946	G-C	HET
SBS	Chr7	15155478	T-G	HET
SBS	Chr7	17934104	G-A	HET
SBS	Chr7	6132430	A-G	HET
SBS	Chr8	14025765	A-G	HET
SBS	Chr8	18445961	A-G	HET
SBS	Chr8	27780237	C-T	HET
SBS	Chr9	12619793	A-T	Homo

Deletions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	1827771	1827772	1	LOC_Os12g04310
Deletion	Chr9	5584050	5584078	28
Deletion	Chr8	8949570	8949572	2
Deletion	Chr2	13341930	13341931	1
Deletion	Chr8	16470222	16470223	1
Deletion	Chr5	22089731	22089732	1
Deletion	Chr4	33170658	33170664	6	LOC_Os04g55730
Deletion	Chr1	34921719	34921720	1

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	29173556	29173556	1
Insertion	Chr12	8548657	8548658	2
Insertion	Chr3	15138760	15138777	18	LOC_Os03g26510
Insertion	Chr5	9992062	9992063	2

No Inversion

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	3174873	Chr5	19834064	2
Translocation	Chr11	9323567	Chr6	23180839
Translocation	Chr7	11638243	Chr6	15056095	2
Translocation	Chr10	11725800	Chr2	20278275	LOC_Os10g22590
Translocation	Chr10	11758920	Chr2	20278272	LOC_Os10g22630
Translocation	Chr11	17770759	Chr5	19949319
Translocation	Chr9	18185184	Chr1	10304409	LOC_Os09g29910
Translocation	Chr10	18620383	Chr2	16598646	2
Translocation	Chr12	20276070	Chr7	15549639

Main menu