Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 61

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	14691436	A-C	HET
SBS	Chr1	18830047	C-T	HET
SBS	Chr1	21477387	A-T	HET
SBS	Chr1	27121899	G-T	HET
SBS	Chr1	27121900	C-T	HET
SBS	Chr1	34478801	T-C	Homo
SBS	Chr1	37045416	G-T	HET
SBS	Chr1	4192688	C-T	HET
SBS	Chr10	13584422	A-T	HET
SBS	Chr10	1572530	T-C	HET
SBS	Chr10	16290743	C-T	HET
SBS	Chr10	3329305	C-T	HET
SBS	Chr10	4101760	G-T	HET
SBS	Chr10	4101761	T-A	HET
SBS	Chr10	5436806	T-C	HET
SBS	Chr11	16521096	G-A	Homo
SBS	Chr11	18660902	T-A	HET
SBS	Chr11	24304006	T-A	HET
SBS	Chr11	26404060	A-G	Homo
SBS	Chr11	26930704	G-A	HET
SBS	Chr12	10382004	G-T	Homo
SBS	Chr12	10382005	C-T	Homo
SBS	Chr12	16343765	C-T	Homo
SBS	Chr12	27262463	G-A	HET
SBS	Chr12	27262464	G-T	HET
SBS	Chr12	5115255	A-T	HET
SBS	Chr12	5337007	G-T	HET
SBS	Chr12	8514810	G-T	HET
SBS	Chr12	9980497	T-C	Homo
SBS	Chr2	19841183	G-A	HET
SBS	Chr2	28257157	A-G	HET
SBS	Chr3	11283919	A-T	Homo
SBS	Chr3	14633077	G-A	Homo
SBS	Chr3	32441579	A-G	HET
SBS	Chr3	35935233	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g63640
SBS	Chr3	711061	G-A	HET
SBS	Chr4	27800164	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g46894
SBS	Chr4	31037224	G-A	HET
SBS	Chr4	69936	G-A	HET
SBS	Chr5	11399637	G-A	HET
SBS	Chr5	12845590	C-A	HET
SBS	Chr5	14438638	C-A	HET
SBS	Chr5	17477547	C-T	HET
SBS	Chr5	18642571	C-A	HET
SBS	Chr5	18912125	G-A	HET
SBS	Chr5	2245516	T-G	HET
SBS	Chr5	23186233	C-T	HET
SBS	Chr5	4803777	T-C	HET
SBS	Chr5	6338341	C-T	HET
SBS	Chr5	8810308	C-A	HET
SBS	Chr5	9064783	C-T	HET
SBS	Chr5	9296080	A-G	HET
SBS	Chr5	9664113	G-A	HET
SBS	Chr6	22546253	G-A	HET
SBS	Chr6	23833439	C-T	HET
SBS	Chr7	21347823	G-A	Homo
SBS	Chr8	14238249	A-G	HET
SBS	Chr9	11467548	C-T	HET
SBS	Chr9	14223887	C-T	HET
SBS	Chr9	16320115	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g26850
SBS	Chr9	7090139	C-T	HET

Deletions: 21

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	2284029	2284031	2
Deletion	Chr11	3160991	3160994	3
Deletion	Chr10	8737043	8737044	1
Deletion	Chr4	8961001	8999000	37999	7
Deletion	Chr4	9004001	9027000	22999	5
Deletion	Chr4	9030001	9049000	18999	3
Deletion	Chr12	9374624	9374625	1
Deletion	Chr1	9874232	9874239	7
Deletion	Chr11	11822329	11822330	1
Deletion	Chr4	13570535	13570544	9
Deletion	Chr8	13847240	13847255	15
Deletion	Chr1	14686532	14686536	4
Deletion	Chr4	18136133	18136148	15
Deletion	Chr10	21941471	21941473	2
Deletion	Chr6	23067027	23067028	1
Deletion	Chr3	23361015	23361016	1
Deletion	Chr1	26265001	26282000	16999	2
Deletion	Chr1	30325021	30325023	2
Deletion	Chr2	32488573	32488574	1
Deletion	Chr1	36199299	36199301	2
Deletion	Chr1	39284027	39284036	9

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr4	20464452	20464459	8
Insertion	Chr5	27715782	27715789	8
Insertion	Chr7	2679762	2679763	2
Insertion	Chr8	13065401	13065401	1

Inversions: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	17802888	18236711
Inversion	Chr11	18542219	18545371	2
Inversion	Chr11	20824381	20825495	LOC_Os11g35520
Inversion	Chr1	24901355	25048239	2
Inversion	Chr1	25007236	25048237	2
Inversion	Chr1	35182164	35667651
Inversion	Chr1	35182166	35667652

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	5016429	Chr4	8960522	LOC_Os12g09540
Translocation	Chr12	5456201	Chr4	8960883	LOC_Os12g10320
Translocation	Chr12	6227778	Chr7	22412527	2
Translocation	Chr12	6510270	Chr7	22412530	2
Translocation	Chr7	18542793	Chr2	21400253
Translocation	Chr4	20764925	Chr2	20022331	LOC_Os04g34280
Translocation	Chr4	20764934	Chr2	20022188	LOC_Os04g34280
Translocation	Chr2	26568590	Chr1	4970615

Main menu