Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2618-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2618-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 56

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	20174834	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g36370
SBS	Chr10	13856162	T-A	HET
SBS	Chr10	18504645	G-A	HET
SBS	Chr10	6208794	T-C	HET
SBS	Chr10	8376376	C-T	HET
SBS	Chr10	8697830	C-G	HET
SBS	Chr11	10722326	T-C	HET
SBS	Chr11	12882918	A-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g22430
SBS	Chr11	14296394	G-T	Homo
SBS	Chr11	24869668	G-A	HET
SBS	Chr11	26712618	C-T	HET
SBS	Chr12	1242581	T-A	HET
SBS	Chr12	22341289	A-G	HET
SBS	Chr12	22736942	C-T	HET
SBS	Chr12	2626129	T-C	HET
SBS	Chr2	33146901	C-A	Homo
SBS	Chr2	4898817	A-G	HET
SBS	Chr2	6276980	C-T	HET
SBS	Chr3	11069172	G-T	HET
SBS	Chr3	23921290	C-G	HET
SBS	Chr3	24282045	T-C	HET
SBS	Chr3	29595502	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g51680
SBS	Chr3	30346717	G-T	HET
SBS	Chr4	14376167	G-A	HET
SBS	Chr4	14892101	G-C	HET
SBS	Chr4	18316970	G-C	HET
SBS	Chr4	24503045	C-T	Homo
SBS	Chr4	24546838	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g41400
SBS	Chr4	26340895	C-T	Homo
SBS	Chr4	27851512	A-G	HET
SBS	Chr4	34552812	T-C	HET
SBS	Chr4	4723067	A-T	HET
SBS	Chr4	6560999	G-A	HET
SBS	Chr4	6561001	G-A	HET
SBS	Chr4	6561003	C-A	HET
SBS	Chr5	10433288	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os05g18160
SBS	Chr5	10519902	A-T	HET
SBS	Chr5	5506449	G-A	HET
SBS	Chr6	10983374	A-G	HET
SBS	Chr6	1337720	G-A	HET
SBS	Chr6	21831826	G-A	HET
SBS	Chr7	10397571	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g17610
SBS	Chr7	11513048	G-A	HET
SBS	Chr7	14898546	T-C	HET
SBS	Chr7	21276557	G-C	HET
SBS	Chr7	29425318	G-A	HET
SBS	Chr8	16739552	A-G	HET
SBS	Chr8	21257212	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g33950
SBS	Chr8	21257213	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g33950
SBS	Chr8	26844368	C-T	HET
SBS	Chr9	18061832	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g29700
SBS	Chr9	21535805	G-C	HET
SBS	Chr9	2715463	T-C	HET
SBS	Chr9	4007632	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g07880
SBS	Chr9	647108	T-C	HET
SBS	Chr9	6514077	G-A	HET

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	2356303	2356304	1	LOC_Os02g04980
Deletion	Chr4	4656001	4664000	7999
Deletion	Chr12	5536449	5536463	14	LOC_Os12g10440
Deletion	Chr6	5923718	5923720	2
Deletion	Chr5	6860244	6860247	3
Deletion	Chr4	8246001	8414000	167999	25
Deletion	Chr4	8423001	8467000	43999	8
Deletion	Chr4	8486578	8486583	5	LOC_Os04g15610
Deletion	Chr5	11220625	11220626	1
Deletion	Chr8	16361488	16361507	19
Deletion	Chr2	19846001	20206000	359999	48
Deletion	Chr2	20213001	20287000	73999	7
Deletion	Chr2	20298001	20376000	77999	6
Deletion	Chr7	28828184	28828185	1

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr4	13171175	13171177	3
Insertion	Chr4	8749036	8749036	1
Insertion	Chr9	12676316	12676320	5

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	6360533	6622208	2
Inversion	Chr11	15480754	15537296
Inversion	Chr11	15480777	15537307
Inversion	Chr12	22217310	22399683	LOC_Os12g36270

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	7230487	Chr4	4655620	LOC_Os11g12770
Translocation	Chr4	8943790	Chr1	2012126
Translocation	Chr12	13051680	Chr10	2755954
Translocation	Chr8	23386247	Chr7	24488804

Main menu

You are here

Search Nipponbare