Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2625-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2625-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 68

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	600353	T-C	HET
SBS	Chr1	6314594	C-T	HET
SBS	Chr1	13452695	G-A	HET
SBS	Chr1	16946836	C-G	Homo
SBS	Chr1	31064364	A-G	HET
SBS	Chr1	31845513	C-T	Homo
SBS	Chr2	285142	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g01490
SBS	Chr2	874077	G-A	HET
SBS	Chr2	20153328	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g33780
SBS	Chr2	20153329	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g33780
SBS	Chr2	20217829	G-A	HET
SBS	Chr2	28505835	G-A	HET
SBS	Chr3	4977546	A-C	HET
SBS	Chr3	15361193	G-A	HET
SBS	Chr3	18147212	A-T	HET
SBS	Chr3	19811511	C-T	HET
SBS	Chr3	26402501	G-A	HET
SBS	Chr3	28280968	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g49660
SBS	Chr3	35288769	C-T	HET
SBS	Chr4	3860178	C-G	HET
SBS	Chr4	7621401	T-C	HET
SBS	Chr4	10365050	G-A	HET
SBS	Chr4	20832220	C-T	HET
SBS	Chr4	27130645	A-G	HET
SBS	Chr4	29620089	C-T	HET
SBS	Chr4	31077092	T-C	HET
SBS	Chr5	5351419	G-A	HET
SBS	Chr5	5436814	G-T	HET
SBS	Chr5	6757301	G-T	HET
SBS	Chr5	6830075	T-C	HET
SBS	Chr5	11689154	C-T	HET
SBS	Chr5	18363128	T-C	HET
SBS	Chr5	19443232	A-T	HET
SBS	Chr5	22084246	T-C	HET
SBS	Chr5	23621168	C-T	Homo
SBS	Chr5	29787114	T-A	HET
SBS	Chr6	4971045	C-T	HET
SBS	Chr6	5650938	G-C	HET
SBS	Chr6	10779016	A-G	Homo
SBS	Chr6	12403552	C-G	Homo
SBS	Chr6	12875867	A-G	Homo
SBS	Chr6	28998560	C-T	HET
SBS	Chr6	29443573	C-T	HET
SBS	Chr6	29641777	G-A	HET
SBS	Chr7	4820703	T-C	Homo
SBS	Chr7	29143312	G-A	HET
SBS	Chr8	4282380	G-A	HET
SBS	Chr8	5569840	C-T	HET
SBS	Chr8	6505737	G-A	HET
SBS	Chr8	8887595	G-A	HET
SBS	Chr9	4885704	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g09130
SBS	Chr9	4885740	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g09130
SBS	Chr9	8517441	T-C	Homo
SBS	Chr9	16685886	T-C	HET
SBS	Chr9	19873526	A-T	HET
SBS	Chr10	8265033	T-C	Homo
SBS	Chr10	8265046	T-C	Homo
SBS	Chr10	16530582	T-C	HET
SBS	Chr11	4500193	G-A	HET
SBS	Chr11	16163574	C-T	Homo
SBS	Chr11	17361974	T-G	HET
SBS	Chr11	17535226	G-C	HET
SBS	Chr11	18140355	T-C	HET
SBS	Chr11	18260811	C-T	HET
SBS	Chr11	21436326	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g36380
SBS	Chr11	23918999	G-A	HET
SBS	Chr12	13315149	G-A	HET
SBS	Chr12	20754385	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g34230

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	1182645	1182654	9	LOC_Os02g03000
Deletion	Chr11	1910711	1910712	1
Deletion	Chr2	2862045	2862054	9
Deletion	Chr9	4630570	4630694	124
Deletion	Chr4	7349690	7349694	4
Deletion	Chr4	7467635	7467636	1
Deletion	Chr10	8264767	8264769	2
Deletion	Chr4	8932796	8932800	4	LOC_Os04g16430
Deletion	Chr6	10025475	10025478	3
Deletion	Chr10	12575001	13400000	824999	120
Deletion	Chr9	16368001	16373000	4999
Deletion	Chr9	17911185	17911187	2
Deletion	Chr3	20485693	20485695	2
Deletion	Chr8	28102892	28102896	4	LOC_Os08g44720
Deletion	Chr1	31803421	31803430	9
Deletion	Chr3	33175098	33175099	1

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr5	23869703	23869725	23
Insertion	Chr10	21279742	21279743	2
Insertion	Chr11	7697533	7697534	2
Insertion	Chr11	17583745	17583745	1
Insertion	Chr7	1308316	1308324	9

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	16367459	16374817

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	15519059	Chr2	22225444
Translocation	Chr12	20935551	Chr2	19189928

Main menu

You are here

Search Results