Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 28

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10730100	T-C	HET
SBS	Chr1	14977031	G-A	HET
SBS	Chr1	23863897	A-G	HET
SBS	Chr1	2884424	C-T	HET
SBS	Chr1	39311747	C-T	HET
SBS	Chr1	40976593	T-C	HET
SBS	Chr10	19295666	C-T	Homo
SBS	Chr11	17655350	A-G	HET
SBS	Chr11	29014955	A-G	HET
SBS	Chr12	24108157	C-T	HET
SBS	Chr2	10288150	G-A	HET
SBS	Chr3	19953560	G-A	HET
SBS	Chr3	26911774	G-A	HET
SBS	Chr3	27948318	G-A	HET
SBS	Chr3	31215816	A-T	HET
SBS	Chr3	36305338	G-A	HET
SBS	Chr4	11882985	G-A	HET
SBS	Chr6	12087963	G-T	HET
SBS	Chr6	21343301	G-A	HET
SBS	Chr6	27538509	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g45520
SBS	Chr6	29553313	C-T	Homo
SBS	Chr6	29754470	C-G	Homo
SBS	Chr6	29818073	A-C	Homo
SBS	Chr7	11659119	T-G	HET
SBS	Chr7	224524	C-T	HET
SBS	Chr8	1638759	T-C	HET
SBS	Chr8	17640915	C-T	HET
SBS	Chr8	6690550	G-A	HET

Deletions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	471922	471923	1	LOC_Os01g01850
Deletion	Chr7	6003683	6003687	4
Deletion	Chr9	12612967	12612968	1
Deletion	Chr5	15242374	15242375	1
Deletion	Chr5	21215001	21247000	31999	6
Deletion	Chr6	26452089	26452093	4
Deletion	Chr6	29933181	29933182	1
Deletion	Chr3	33412093	33412094	1

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr3	2192907	2192907	1

No Inversion

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr4	5224279	Chr1	31366275
Translocation	Chr12	8566889	Chr10	2106336
Translocation	Chr11	27005713	Chr2	15294658
Translocation	Chr4	27738517	Chr3	2570590

Main menu