Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2629-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2629-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 83

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	2255333	C-T	HET
SBS	Chr1	15189797	T-G	HET
SBS	Chr1	15621290	G-T	HET
SBS	Chr1	16881365	T-C	HET
SBS	Chr1	16995427	T-C	HET
SBS	Chr1	25146124	G-A	HET
SBS	Chr1	31540518	C-G	HET
SBS	Chr1	34823932	C-G	HET
SBS	Chr1	36559634	G-A	HET
SBS	Chr1	36699540	G-A	HET
SBS	Chr1	40790404	C-A	HET
SBS	Chr1	41326526	G-T	HET
SBS	Chr2	2477547	C-T	HET
SBS	Chr2	4918815	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g09550
SBS	Chr2	11137693	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g19080
SBS	Chr2	11634661	G-A	HET
SBS	Chr2	13872971	G-T	HET
SBS	Chr2	18853268	T-C	HET
SBS	Chr2	21966118	T-A	HET
SBS	Chr2	21966119	C-T	HET
SBS	Chr2	31701825	C-T	HET
SBS	Chr2	35073305	C-A	HET
SBS	Chr3	6182949	C-A	HET
SBS	Chr3	16394444	C-T	HET
SBS	Chr3	36204771	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g64070
SBS	Chr4	1680115	G-A	HET
SBS	Chr4	4040151	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g07600
SBS	Chr4	10179950	C-T	HET
SBS	Chr4	11592522	A-T	HET
SBS	Chr4	14632538	A-T	HET
SBS	Chr4	19302856	G-T	HET
SBS	Chr4	30662169	G-A	HET
SBS	Chr5	996350	T-G	Homo
SBS	Chr5	9986904	C-A	HET
SBS	Chr5	14544369	T-A	HET
SBS	Chr5	16856243	G-A	HET
SBS	Chr5	19977283	T-C	HET
SBS	Chr6	11042753	C-T	HET
SBS	Chr6	14303931	G-A	HET
SBS	Chr6	14707954	G-A	HET
SBS	Chr6	15290963	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g26130
SBS	Chr6	17263254	G-A	HET
SBS	Chr6	20444498	T-C	HET
SBS	Chr7	6516504	G-T	HET
SBS	Chr7	6579764	C-T	HET
SBS	Chr7	8425135	T-C	HET
SBS	Chr7	8924239	G-A	HET
SBS	Chr7	9704315	A-G	HET
SBS	Chr7	16465124	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g28200
SBS	Chr7	17397754	G-A	HET
SBS	Chr7	18427437	A-G	HET
SBS	Chr7	21943120	G-A	HET
SBS	Chr7	22833173	A-G	HET
SBS	Chr7	23739514	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g39610
SBS	Chr7	26035604	C-T	HET
SBS	Chr7	27377081	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g45880
SBS	Chr7	28085146	G-T	HET
SBS	Chr7	28770681	T-C	HET
SBS	Chr8	12075743	G-T	HET
SBS	Chr8	14342046	C-T	HET
SBS	Chr8	19389863	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g31350
SBS	Chr8	20513852	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g33040
SBS	Chr8	24446959	G-A	HET
SBS	Chr9	2653844	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g04940
SBS	Chr9	8233030	C-A	HET
SBS	Chr10	614036	A-G	HET
SBS	Chr10	1053176	C-T	HET
SBS	Chr10	5848005	C-T	HET
SBS	Chr10	6331050	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g11430
SBS	Chr10	7147079	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g12800
SBS	Chr10	7792754	C-T	HET
SBS	Chr10	10264155	G-A	HET
SBS	Chr10	12041952	T-C	HET
SBS	Chr11	1152675	G-T	HET
SBS	Chr11	2686224	C-A	HET
SBS	Chr11	11153742	C-T	HET
SBS	Chr11	15211820	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g26540
SBS	Chr11	15428551	A-G	HET
SBS	Chr11	17537958	G-T	HET
SBS	Chr11	17683564	C-T	HET
SBS	Chr11	21659229	G-A	HET
SBS	Chr12	18167773	G-A	HET
SBS	Chr12	21911129	G-T	HET

Deletions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	194174	194178	4
Deletion	Chr5	786658	786665	7
Deletion	Chr12	954150	954154	4
Deletion	Chr11	1018001	1047000	28999	6
Deletion	Chr5	1104674	1104686	12
Deletion	Chr8	1381380	1381383	3
Deletion	Chr11	1640790	1640792	2
Deletion	Chr2	2942935	2942937	2
Deletion	Chr12	8572081	8572091	10
Deletion	Chr9	10451001	10473000	21999	4
Deletion	Chr7	12260562	12260563	1
Deletion	Chr5	13414324	13414346	22	LOC_Os05g23460
Deletion	Chr1	19132162	19132168	6
Deletion	Chr10	20726301	20726315	14
Deletion	Chr3	21808409	21808413	4
Deletion	Chr12	24545226	24545240	14	LOC_Os12g39740
Deletion	Chr8	27446685	27446691	6
Deletion	Chr2	35871335	35871336	1	LOC_Os02g58710

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr2	34251808	34251810	3
Insertion	Chr3	4898410	4898411	2
Insertion	Chr5	24413003	24413004	2
Insertion	Chr10	16106548	16106550	3	LOC_Os10g30880
Insertion	Chr9	4919476	4919476	1

No Inversion

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr4	654145	Chr2	5658572
Translocation	Chr11	1589518	Chr2	9833429
Translocation	Chr11	23663019	Chr6	11605812
Translocation	Chr11	24207834	Chr10	11150143

Main menu

You are here

Search Results