Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 57

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11355365	C-T	HET
SBS	Chr1	11355368	A-G	HET
SBS	Chr1	22053189	G-A	HET
SBS	Chr1	4284021	C-T	HET
SBS	Chr10	21266735	C-G	Homo
SBS	Chr11	1072235	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g03050
SBS	Chr11	13615651	G-A	HET
SBS	Chr11	17316080	C-T	HET
SBS	Chr11	17316100	G-T	HET
SBS	Chr11	17316101	C-T	HET
SBS	Chr11	23890343	G-A	Homo
SBS	Chr11	9064129	C-T	HET
SBS	Chr12	13843047	C-T	HET
SBS	Chr12	1549358	A-T	HET
SBS	Chr12	1898014	C-T	Homo
SBS	Chr12	20074061	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g33170
SBS	Chr12	20691677	A-G	HET
SBS	Chr12	6875141	T-C	HET
SBS	Chr2	14378285	T-C	HET
SBS	Chr2	18530418	G-A	Homo
SBS	Chr2	25693263	T-C	HET
SBS	Chr2	2687064	G-A	HET
SBS	Chr2	31782774	G-A	Homo
SBS	Chr2	35227597	C-A	HET
SBS	Chr2	7280124	C-T	HET
SBS	Chr3	11803817	A-G	HET
SBS	Chr3	14555778	A-G	HET
SBS	Chr3	2872339	T-C	HET
SBS	Chr3	31598749	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g55530
SBS	Chr3	32121454	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g56360
SBS	Chr3	8582416	C-T	HET
SBS	Chr3	8582420	A-G	HET
SBS	Chr4	15364896	A-G	HET
SBS	Chr4	15982147	C-T	HET
SBS	Chr4	32042814	T-C	HET
SBS	Chr5	19976960	A-G	HET
SBS	Chr5	28134266	G-A	Homo
SBS	Chr6	10692089	A-G	Homo
SBS	Chr6	16241804	C-G	HET
SBS	Chr6	1830513	T-C	HET
SBS	Chr6	2495898	C-T	HET
SBS	Chr6	2617627	C-T	Homo
SBS	Chr6	26381132	C-G	HET
SBS	Chr6	28933990	G-A	HET
SBS	Chr6	6628751	G-A	HET
SBS	Chr7	11681221	T-C	Homo
SBS	Chr7	1189835	T-C	HET
SBS	Chr7	15491018	C-A	HET
SBS	Chr7	28051969	C-T	HET
SBS	Chr7	7354778	G-A	HET
SBS	Chr7	9068458	T-C	HET
SBS	Chr7	9223552	A-T	Homo
SBS	Chr8	20762603	G-A	Homo
SBS	Chr8	2603088	C-G	HET
SBS	Chr8	9897929	G-A	HET
SBS	Chr9	7427327	A-G	HET
SBS	Chr9	8361270	T-C	HET

Deletions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	1142537	1142567	30
Deletion	Chr6	5336096	5336098	2
Deletion	Chr2	7949026	7949030	4	LOC_Os02g14440
Deletion	Chr8	9467973	9467990	17	LOC_Os08g15570
Deletion	Chr1	12911001	12924000	12999	3
Deletion	Chr6	17378792	17378801	9	LOC_Os06g30130
Deletion	Chr9	18167174	18167212	38
Deletion	Chr5	19211617	19211619	2
Deletion	Chr2	19227489	19227494	5	LOC_Os02g32504
Deletion	Chr12	21472029	21472031	2
Deletion	Chr2	24930595	24930596	1
Deletion	Chr7	29646258	29646259	1	LOC_Os07g49500

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	15621383	15621384	2
Insertion	Chr4	703349	703360	12
Insertion	Chr5	17041733	17041736	4
Insertion	Chr6	8656151	8656171	21
Insertion	Chr6	9427618	9427619	2

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	8646445	9255416
Inversion	Chr3	8646451	8677287
Inversion	Chr1	12924141	13342794	LOC_Os01g22990
Inversion	Chr1	12924290	13342788	LOC_Os01g22990
Inversion	Chr4	17492031	17494287	LOC_Os04g29424
Inversion	Chr4	17492038	17494288	LOC_Os04g29424

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr6	1179158	Chr5	29794159
Translocation	Chr12	5460989	Chr3	32963678	2
Translocation	Chr3	11609246	Chr2	30573868	2
Translocation	Chr3	11609252	Chr2	30574233	2
Translocation	Chr12	13512484	Chr2	18912678	2
Translocation	Chr11	17989238	Chr1	42446543	2
Translocation	Chr12	22800132	Chr8	17299284	2

Main menu