Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2639-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2639-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 65

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	6521983	G-A	HET
SBS	Chr1	8195159	C-T	HET
SBS	Chr1	8712903	A-T	HET
SBS	Chr1	10827598	C-T	HET
SBS	Chr1	12939948	C-T	HET
SBS	Chr1	13815951	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g24500
SBS	Chr1	24044193	C-T	HET
SBS	Chr1	28406960	T-C	HET
SBS	Chr1	28917691	G-T	HET
SBS	Chr1	31258163	G-T	HET
SBS	Chr1	38279569	C-T	Homo
SBS	Chr2	4003604	A-T	HET
SBS	Chr2	11838771	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g20100
SBS	Chr2	11838772	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g20100
SBS	Chr2	12134506	G-A	HET
SBS	Chr2	19738335	G-A	HET
SBS	Chr2	33725287	C-T	HET
SBS	Chr3	10347740	T-G	HET
SBS	Chr4	6147481	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g11240
SBS	Chr4	15314921	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g26260
SBS	Chr4	24583422	C-T	HET
SBS	Chr4	27193351	C-A	HET
SBS	Chr4	33908516	C-T	HET
SBS	Chr5	1711427	A-T	HET
SBS	Chr5	2664784	A-T	HET
SBS	Chr5	10001609	G-C	HET
SBS	Chr5	14630420	T-A	HET
SBS	Chr5	15149440	C-T	HET
SBS	Chr5	16348841	T-A	HET
SBS	Chr5	16348842	T-A	HET
SBS	Chr5	16552187	C-T	HET
SBS	Chr5	19577986	G-A	HET
SBS	Chr5	25072775	C-T	HET
SBS	Chr5	28165901	G-T	HET
SBS	Chr6	7559526	C-T	HET
SBS	Chr6	15333830	C-A	HET
SBS	Chr6	17649523	T-C	HET
SBS	Chr6	20801922	G-A	HET
SBS	Chr7	1632572	A-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g03900
SBS	Chr7	3594297	G-T	Homo
SBS	Chr7	4896570	T-A	HET
SBS	Chr7	7682422	G-T	HET
SBS	Chr7	14194798	C-G	HET
SBS	Chr7	15105445	C-T	HET
SBS	Chr7	21277846	T-C	HET
SBS	Chr7	27218822	A-G	Homo
SBS	Chr7	27218830	C-T	Homo
SBS	Chr8	1807064	G-A	Homo
SBS	Chr8	1807065	T-A	Homo
SBS	Chr9	1616114	C-A	HET
SBS	Chr9	7513765	T-C	Homo
SBS	Chr9	13673997	C-T	Homo
SBS	Chr9	16164276	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g26640
SBS	Chr10	2053388	C-A	HET
SBS	Chr10	15089248	G-A	Homo
SBS	Chr11	1797400	G-A	HET
SBS	Chr11	7438412	C-T	HET
SBS	Chr11	14667233	C-T	HET
SBS	Chr11	15937347	C-T	HET
SBS	Chr11	16986184	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g29290
SBS	Chr11	21255973	G-A	Homo
SBS	Chr11	21255976	A-G	Homo
SBS	Chr11	27611075	G-T	HET
SBS	Chr12	1003893	T-A	HET
SBS	Chr12	26320604	C-T	HET

Deletions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	1365001	1402000	36999	8
Deletion	Chr6	1987265	1987278	13
Deletion	Chr3	4050448	4050456	8
Deletion	Chr4	4470056	4470058	2
Deletion	Chr9	6186783	6186784	1
Deletion	Chr2	7064841	7064842	1
Deletion	Chr1	7736439	7736441	2
Deletion	Chr1	8663236	8663241	5
Deletion	Chr1	8724786	8724804	18
Deletion	Chr12	11471367	11471372	5
Deletion	Chr10	15482543	15482546	3
Deletion	Chr4	16971315	16971319	4	LOC_Os04g28650
Deletion	Chr7	18112659	18112660	1
Deletion	Chr7	24614694	24614696	2
Deletion	Chr2	27213494	27213498	4
Deletion	Chr4	27221023	27221026	3
Deletion	Chr4	28610461	28610466	5
Deletion	Chr4	29463579	29463586	7

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr2	16778548	16778548	1
Insertion	Chr5	28921371	28921372	2
Insertion	Chr5	29937843	29937849	7
Insertion	Chr9	13453559	13453562	4

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	11285508	11318365	2
Inversion	Chr1	11285521	11405427	2

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	25751367	Chr6	17039665

Main menu

You are here

Search Results