Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2646-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2646-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 58

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	20220249	C-T	HET
SBS	Chr1	2770	G-T	Homo
SBS	Chr1	34899185	G-A	HET
SBS	Chr1	38878551	T-A	Homo
SBS	Chr1	41644748	G-A	HET
SBS	Chr1	6360742	T-A	Homo
SBS	Chr10	13888649	T-A	HET
SBS	Chr11	13236547	C-A	HET
SBS	Chr12	10582545	C-T	HET
SBS	Chr12	15877551	C-T	HET
SBS	Chr12	4620986	C-T	HET
SBS	Chr12	5494573	G-A	Homo
SBS	Chr12	8993552	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g15750
SBS	Chr2	11214790	C-T	HET
SBS	Chr2	17599323	G-T	HET
SBS	Chr2	30848691	G-T	HET
SBS	Chr2	35257524	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g57540
SBS	Chr2	35257528	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g57540
SBS	Chr3	13691416	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g24110
SBS	Chr3	13759899	G-C	HET
SBS	Chr3	19458240	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g34170
SBS	Chr3	20034556	G-A	HET
SBS	Chr3	24619645	T-C	HET
SBS	Chr3	26736385	A-T	HET
SBS	Chr3	31405544	C-T	Homo
SBS	Chr3	31446429	A-G	HET
SBS	Chr3	32336497	T-C	HET
SBS	Chr3	3955333	G-A	HET
SBS	Chr3	3955334	G-A	HET
SBS	Chr4	13105743	T-G	Homo
SBS	Chr4	13728986	T-C	Homo
SBS	Chr4	15540237	C-A	HET
SBS	Chr4	20009650	G-A	HET
SBS	Chr5	10220132	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g17780
SBS	Chr5	12413189	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g21110
SBS	Chr5	14555606	G-A	HET
SBS	Chr5	17273591	G-A	HET
SBS	Chr5	6012010	C-A	HET
SBS	Chr5	6505219	C-T	HET
SBS	Chr6	14582280	C-A	HET
SBS	Chr6	24225913	C-T	HET
SBS	Chr7	11657218	C-T	HET
SBS	Chr7	11811435	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g20450
SBS	Chr7	15247417	G-T	HET
SBS	Chr7	2078884	C-T	HET
SBS	Chr7	2256247	A-T	HET
SBS	Chr7	2256248	T-A	HET
SBS	Chr7	2256249	A-T	HET
SBS	Chr7	25826260	C-T	HET
SBS	Chr8	1602321	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g03420
SBS	Chr8	17272528	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g28300
SBS	Chr8	23993810	C-G	HET
SBS	Chr8	25324816	A-G	HET
SBS	Chr8	2780851	C-A	HET
SBS	Chr8	5740774	C-T	HET
SBS	Chr8	7849030	C-T	HET
SBS	Chr9	21703402	C-T	HET
SBS	Chr9	9630881	C-A	HET

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	3072543	3072589	46
Deletion	Chr1	3600861	3600870	9	LOC_Os01g07530
Deletion	Chr8	5337766	5337767	1
Deletion	Chr2	10597034	10597038	4
Deletion	Chr8	11096287	11096297	10	LOC_Os08g18100
Deletion	Chr4	11152010	11152021	11
Deletion	Chr2	11348649	11348653	4
Deletion	Chr6	11476300	11476301	1
Deletion	Chr7	13334459	13334473	14
Deletion	Chr9	15397337	15397338	1
Deletion	Chr9	15888272	15888278	6
Deletion	Chr9	18119528	18119532	4	LOC_Os09g29810
Deletion	Chr9	21423421	21423423	2
Deletion	Chr5	24646799	24646800	1
Deletion	Chr4	25857462	25857473	11
Deletion	Chr1	34063705	34063713	8

Insertions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	21936603	21936603	1	LOC_Os10g40804
Insertion	Chr12	3418570	3418571	2
Insertion	Chr2	20911076	20911079	4
Insertion	Chr2	35129278	35129278	1
Insertion	Chr2	6601876	6601877	2
Insertion	Chr2	8352718	8352720	3
Insertion	Chr5	5186583	5186603	21
Insertion	Chr7	17740870	17740871	2
Insertion	Chr9	18313692	18313703	12

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr10	13989774	14053245
Inversion	Chr10	13989784	14053252
Inversion	Chr2	20632024	21342612
Inversion	Chr2	20632032	21342627

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	2526788	Chr3	24316453	2
Translocation	Chr10	3381453	Chr6	25514081
Translocation	Chr11	7492567	Chr9	9620712	2
Translocation	Chr11	7492575	Chr9	9615444
Translocation	Chr6	25514172	Chr1	22545222	2

Main menu

You are here

Search Nipponbare