Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2650-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2650-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 62

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	16291286	G-A	HET
SBS	Chr1	23006674	T-C	HET
SBS	Chr1	27978202	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g48780
SBS	Chr1	36199748	G-C	Homo
SBS	Chr2	4670248	T-A	HET
SBS	Chr2	33673084	G-A	HET
SBS	Chr3	5007270	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g10000
SBS	Chr3	9518707	T-G	Homo
SBS	Chr3	16818251	T-A	HET
SBS	Chr3	27054328	T-A	HET
SBS	Chr4	1670886	G-A	HET
SBS	Chr4	6595119	A-G	HET
SBS	Chr4	14454723	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g25060
SBS	Chr4	16193861	C-A	HET
SBS	Chr4	17447082	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g29360
SBS	Chr4	17649591	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g29650
SBS	Chr4	20623312	G-A	HET
SBS	Chr4	21387349	G-A	HET
SBS	Chr4	24515635	A-G	HET
SBS	Chr4	26441922	A-T	HET
SBS	Chr4	29283325	G-A	Homo
SBS	Chr5	751149	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g02330
SBS	Chr5	2355605	C-A	HET
SBS	Chr5	7054162	A-C	HET
SBS	Chr5	7206077	G-A	HET
SBS	Chr5	15023487	A-G	Homo
SBS	Chr5	15377999	A-G	Homo
SBS	Chr5	16391825	G-A	Homo
SBS	Chr5	19851594	C-T	HET
SBS	Chr5	21157847	A-C	HET
SBS	Chr6	8835209	A-T	HET
SBS	Chr6	10875920	G-A	HET
SBS	Chr6	11370439	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g19890
SBS	Chr6	15215936	G-C	HET
SBS	Chr6	15460207	C-G	HET
SBS	Chr6	17776290	C-T	HET
SBS	Chr6	24698590	A-T	Homo
SBS	Chr6	27289729	T-C	HET
SBS	Chr7	8822964	C-G	HET
SBS	Chr7	10404468	T-G	HET
SBS	Chr7	10483236	G-A	HET
SBS	Chr7	18778482	G-A	HET
SBS	Chr7	18778485	G-A	HET
SBS	Chr7	22286341	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g37200
SBS	Chr7	24219850	T-C	Homo
SBS	Chr8	25848861	G-A	HET
SBS	Chr9	6985518	G-T	HET
SBS	Chr9	11504756	A-G	HET
SBS	Chr9	13061756	C-T	HET
SBS	Chr9	16627526	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g27350
SBS	Chr10	5491435	C-G	HET
SBS	Chr10	20815000	G-A	Homo
SBS	Chr11	434957	G-C	Homo
SBS	Chr11	434960	C-A	Homo
SBS	Chr11	18149131	G-A	HET
SBS	Chr11	19303668	T-A	HET
SBS	Chr11	19303670	G-A	HET
SBS	Chr12	8308138	C-T	HET
SBS	Chr12	9474124	G-A	Homo	STOP_GAINED	LOC_Os12g16530
SBS	Chr12	10103382	C-T	HET
SBS	Chr12	10519292	G-A	HET
SBS	Chr12	11210205	A-C	Homo

Deletions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	764608	764615	7
Deletion	Chr10	2508110	2508119	9
Deletion	Chr5	2524354	2524361	7	LOC_Os05g05180
Deletion	Chr11	3448563	3448565	2
Deletion	Chr12	5612246	5612251	5	LOC_Os12g10570
Deletion	Chr5	7263194	7263195	1
Deletion	Chr2	9561120	9561121	1
Deletion	Chr12	12302108	12302122	14
Deletion	Chr1	14370601	14370604	3
Deletion	Chr12	14431394	14431404	10
Deletion	Chr12	14835824	14835825	1
Deletion	Chr1	15119815	15119819	4
Deletion	Chr6	21179361	21179362	1
Deletion	Chr6	23766345	23766346	1
Deletion	Chr3	27487001	27504000	16999	LOC_Os03g48300
Deletion	Chr5	28275914	28275915	1
Deletion	Chr1	32220399	32220401	2
Deletion	Chr4	34950960	34950963	3

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	23070331	23070332	2
Insertion	Chr12	4187293	4187297	5
Insertion	Chr4	11934898	11934898	1

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr8	3356256	3402050
Inversion	Chr11	7223835	7665057
Inversion	Chr11	7223853	7665076
Inversion	Chr1	9731870	9873368

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	2973691	Chr11	2085408	LOC_Os12g06250
Translocation	Chr5	11410420	Chr4	4973307	2
Translocation	Chr9	11727109	Chr4	17810694	LOC_Os09g19610
Translocation	Chr7	12408453	Chr5	3022026
Translocation	Chr10	13367285	Chr1	25286977
Translocation	Chr11	21489132	Chr1	9873365	LOC_Os11g36440
Translocation	Chr11	21489134	Chr1	9872258	LOC_Os11g36440
Translocation	Chr11	26207283	Chr2	30805326
Translocation	Chr2	31842316	Chr1	2441171

Main menu

You are here

Search Results