Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 51

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	19614818	C-G	HET
SBS	Chr1	23204739	T-C	HET
SBS	Chr1	26186533	C-G	Homo
SBS	Chr1	6140844	G-T	HET
SBS	Chr10	16621183	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g31710
SBS	Chr10	18597161	G-A	Homo
SBS	Chr10	1919697	T-A	HET
SBS	Chr10	20750109	A-G	HET
SBS	Chr11	2250610	T-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g05130
SBS	Chr12	10182418	C-T	HET
SBS	Chr12	15110007	G-T	HET
SBS	Chr12	16464443	C-A	HET
SBS	Chr12	4709685	T-G	HET
SBS	Chr2	17636945	C-G	HET
SBS	Chr2	17929935	C-T	Homo
SBS	Chr2	30514806	G-A	HET
SBS	Chr2	9112646	A-G	HET
SBS	Chr3	16253217	T-C	HET
SBS	Chr3	17074992	C-T	HET
SBS	Chr3	18693802	A-G	HET
SBS	Chr3	29767303	A-G	HET
SBS	Chr3	8927398	C-T	HET
SBS	Chr3	9014695	G-A	HET
SBS	Chr4	13595416	C-A	HET
SBS	Chr4	13766709	G-A	Homo
SBS	Chr4	14093741	A-C	Homo
SBS	Chr4	2822779	A-C	HET
SBS	Chr4	6202862	T-C	HET
SBS	Chr4	8855809	T-C	HET
SBS	Chr5	13714302	G-A	HET
SBS	Chr5	14250212	G-A	HET
SBS	Chr5	16825246	A-G	HET
SBS	Chr5	21467334	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g36200
SBS	Chr5	28975474	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g50520
SBS	Chr5	6509435	G-A	HET
SBS	Chr6	12689291	C-A	HET
SBS	Chr6	15905220	A-T	HET
SBS	Chr6	28203501	C-T	HET
SBS	Chr6	6918524	G-T	HET
SBS	Chr7	12878602	C-A	HET
SBS	Chr7	14206830	G-A	HET
SBS	Chr7	16329976	G-A	HET
SBS	Chr7	16329977	T-A	HET
SBS	Chr7	22154035	G-A	HET
SBS	Chr8	11800725	G-A	HET
SBS	Chr8	24731424	T-A	HET
SBS	Chr8	25612749	C-A	HET
SBS	Chr8	6766423	C-A	HET
SBS	Chr8	7023837	C-T	HET
SBS	Chr9	12231184	A-T	HET
SBS	Chr9	5342695	C-T	HET

Deletions: 24

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	885650	885651	1
Deletion	Chr3	5129481	5129482	1
Deletion	Chr6	6230951	6230959	8
Deletion	Chr3	6761968	6761977	9
Deletion	Chr9	8190293	8190299	6
Deletion	Chr10	9216474	9216476	2
Deletion	Chr1	9325105	9325109	4
Deletion	Chr2	9929738	9929750	12
Deletion	Chr9	10048792	10048793	1	LOC_Os09g16430
Deletion	Chr5	12053454	12053469	15
Deletion	Chr1	12746982	12746993	11
Deletion	Chr10	14804350	14804352	2	LOC_Os10g28450
Deletion	Chr7	18697345	18697346	1
Deletion	Chr1	18731068	18731076	8
Deletion	Chr10	19134688	19134689	1
Deletion	Chr3	21217737	21217738	1
Deletion	Chr11	21768625	21768638	13	LOC_Os11g36910
Deletion	Chr1	22386899	22386901	2
Deletion	Chr1	24375933	24375935	2
Deletion	Chr4	25331268	25331284	16
Deletion	Chr8	26855194	26855213	19
Deletion	Chr1	26918799	26918801	2
Deletion	Chr6	28526001	28530000	3999	LOC_Os06g47050
Deletion	Chr3	36276133	36276136	3

Insertions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	35838531	35838532	2
Insertion	Chr10	4783591	4783591	1
Insertion	Chr2	17454917	17454918	2
Insertion	Chr2	3453805	3453806	2
Insertion	Chr2	7392369	7392370	2
Insertion	Chr5	24181664	24181666	3
Insertion	Chr8	3980778	3980778	1
Insertion	Chr9	21478779	21478780	2

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	7435252	8110383	2
Inversion	Chr8	7435255	8110385	2
Inversion	Chr6	28525860	28898525	2
Inversion	Chr6	28530063	28898539	2

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	4989751	Chr9	4185128
Translocation	Chr7	18247755	Chr6	28898583	2
Translocation	Chr7	18247830	Chr6	28530122
Translocation	Chr11	27827382	Chr5	15902467

Main menu