Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 50

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13497281	G-C	HET
SBS	Chr1	16914639	C-A	HET
SBS	Chr1	8464897	C-T	HET
SBS	Chr1	8464898	G-T	HET
SBS	Chr10	10367115	G-A	HET
SBS	Chr10	16870480	G-A	HET
SBS	Chr10	18347668	C-T	HET
SBS	Chr10	23052172	A-G	HET
SBS	Chr11	15226283	G-T	HET
SBS	Chr11	18918682	C-A	HET
SBS	Chr11	24432294	C-T	HET
SBS	Chr11	25965714	G-T	HET
SBS	Chr11	9884950	T-C	Homo
SBS	Chr12	15136247	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g26060
SBS	Chr12	21544165	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g35430
SBS	Chr12	259254	C-G	HET
SBS	Chr12	4619092	G-T	HET
SBS	Chr12	8999273	G-C	HET
SBS	Chr2	28491819	G-C	HET
SBS	Chr2	28870774	T-G	HET
SBS	Chr2	32094795	G-A	Homo
SBS	Chr2	3298601	G-A	HET
SBS	Chr2	5321773	T-C	HET
SBS	Chr3	18059633	G-A	HET
SBS	Chr3	20430834	C-T	HET
SBS	Chr3	2934516	C-A	HET
SBS	Chr3	29440313	G-A	HET
SBS	Chr3	30234122	C-A	HET
SBS	Chr3	3969459	C-T	HET
SBS	Chr4	15274455	C-G	HET
SBS	Chr4	18126108	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g30370
SBS	Chr4	4593218	A-G	HET
SBS	Chr4	6282252	T-A	HET
SBS	Chr5	15462609	C-A	HET
SBS	Chr5	1621727	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g03710
SBS	Chr5	22689418	C-T	HET
SBS	Chr5	4722643	G-T	HET
SBS	Chr5	8593089	A-T	Homo
SBS	Chr6	16136338	T-A	HET
SBS	Chr6	17662952	C-T	HET
SBS	Chr6	29983229	A-G	HET
SBS	Chr7	15329683	A-G	HET
SBS	Chr7	25506971	T-C	HET
SBS	Chr7	29320017	T-A	HET
SBS	Chr7	3592566	C-G	HET
SBS	Chr7	7012012	G-A	HET
SBS	Chr8	27035737	C-T	HET
SBS	Chr8	6443800	G-A	HET
SBS	Chr9	2405537	G-A	HET
SBS	Chr9	538073	T-A	HET

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	2671925	2671926	1
Deletion	Chr1	4104750	4104753	3
Deletion	Chr8	4413426	4413432	6
Deletion	Chr11	5494364	5494375	11
Deletion	Chr5	12645433	12645437	4
Deletion	Chr9	14108243	14108254	11
Deletion	Chr11	14386347	14386348	1
Deletion	Chr2	18261006	18261010	4
Deletion	Chr1	26042137	26042139	2
Deletion	Chr6	29965161	29965166	5
Deletion	Chr1	30999101	30999106	5	LOC_Os01g53910
Deletion	Chr1	31573422	31573423	1
Deletion	Chr2	35688585	35688586	1

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	18595240	18595240	1
Insertion	Chr8	18788919	18788919	1
Insertion	Chr9	6426219	6426220	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	9040402	9342804
Inversion	Chr1	9040404	9342825

Translocations: 10

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	6238032	Chr3	2806553
Translocation	Chr8	15710050	Chr6	16131693	2
Translocation	Chr8	15710061	Chr6	16139514	2
Translocation	Chr9	19197167	Chr6	5268338
Translocation	Chr4	20213200	Chr1	11799477	LOC_Os04g33370
Translocation	Chr12	27039733	Chr2	7526584
Translocation	Chr11	28752993	Chr5	27430904
Translocation	Chr11	28753002	Chr1	28104454
Translocation	Chr4	31390973	Chr3	33348720	2
Translocation	Chr4	31394522	Chr3	33348715	2

Main menu