Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2657-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2657-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 76

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12075898	A-T	HET
SBS	Chr1	18804388	T-C	HET
SBS	Chr1	24377951	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g42830
SBS	Chr1	3131828	G-T	HET
SBS	Chr1	40423792	C-T	Homo
SBS	Chr1	440236	C-T	HET
SBS	Chr1	7031170	C-T	HET
SBS	Chr1	9560623	C-G	HET
SBS	Chr10	22411589	G-A	HET
SBS	Chr10	22751246	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g42240
SBS	Chr10	22905633	G-T	Homo
SBS	Chr12	14045077	C-T	HET
SBS	Chr12	14928581	C-A	HET
SBS	Chr12	16117761	C-T	Homo
SBS	Chr12	16184264	G-A	HET
SBS	Chr12	20260198	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g33530
SBS	Chr12	3759274	A-G	HET
SBS	Chr12	3995635	C-T	HET
SBS	Chr12	4407270	C-A	HET
SBS	Chr2	11652177	G-A	HET
SBS	Chr2	19517941	C-T	Homo
SBS	Chr2	34016366	G-A	HET
SBS	Chr2	35931594	C-G	Homo
SBS	Chr3	16652106	G-A	HET
SBS	Chr3	20569314	C-A	HET
SBS	Chr3	23107164	A-T	HET
SBS	Chr3	24784694	A-G	HET
SBS	Chr3	29855228	G-A	Homo
SBS	Chr3	34773353	T-A	HET
SBS	Chr3	35127517	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g61970
SBS	Chr3	36344507	T-C	Homo
SBS	Chr3	9517651	A-T	Homo
SBS	Chr4	12044000	A-G	HET
SBS	Chr4	13091793	T-C	Homo
SBS	Chr4	14201602	T-A	Homo
SBS	Chr4	17895489	G-T	HET
SBS	Chr4	18940525	C-T	HET
SBS	Chr4	19462099	C-T	HET
SBS	Chr4	21810963	T-C	HET
SBS	Chr4	27961550	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g47090
SBS	Chr4	34533603	A-T	HET
SBS	Chr4	4908894	C-T	HET
SBS	Chr4	6853547	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g12410
SBS	Chr4	9938035	G-A	HET
SBS	Chr5	17833199	C-T	HET
SBS	Chr5	5139023	G-A	HET
SBS	Chr6	11994474	C-T	HET
SBS	Chr6	14072701	C-A	HET
SBS	Chr6	30713687	G-T	HET
SBS	Chr6	30713688	C-T	HET
SBS	Chr6	30713689	C-T	HET
SBS	Chr6	5145788	G-A	HET
SBS	Chr6	6824316	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g12590
SBS	Chr6	6824319	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g12590
SBS	Chr6	7316597	C-A	HET
SBS	Chr6	7316598	T-G	HET
SBS	Chr6	7316599	A-T	HET
SBS	Chr6	7815983	G-A	HET
SBS	Chr6	8814749	T-C	HET
SBS	Chr7	10541787	T-C	HET
SBS	Chr7	27547363	C-A	Homo
SBS	Chr7	4283338	G-A	HET
SBS	Chr7	5554353	T-C	HET
SBS	Chr7	6183888	G-T	HET
SBS	Chr8	15471670	C-G	HET
SBS	Chr8	17242303	G-A	HET
SBS	Chr8	1806451	C-T	HET
SBS	Chr8	1896523	G-T	HET
SBS	Chr8	5057293	T-A	HET
SBS	Chr9	12265040	T-A	HET
SBS	Chr9	12672827	A-G	HET
SBS	Chr9	13507587	G-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g22350
SBS	Chr9	13551576	C-A	HET
SBS	Chr9	17580736	T-A	HET
SBS	Chr9	2093671	T-A	HET
SBS	Chr9	21727308	C-T	HET

Deletions: 20

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	4141568	4141569	1
Deletion	Chr10	5139802	5139838	36
Deletion	Chr11	5548782	5549201	419
Deletion	Chr10	7028293	7028294	1
Deletion	Chr1	8139193	8139202	9
Deletion	Chr10	8773122	8773126	4	LOC_Os10g17400
Deletion	Chr11	10280807	10280817	10
Deletion	Chr8	10446982	10446983	1
Deletion	Chr3	11237637	11237657	20
Deletion	Chr1	14258533	14258535	2
Deletion	Chr1	18819117	18819119	2
Deletion	Chr6	19498771	19498772	1
Deletion	Chr2	22735043	22735046	3
Deletion	Chr6	26584863	26584883	20
Deletion	Chr2	27358804	27358807	3
Deletion	Chr7	28438001	28445000	6999	2
Deletion	Chr1	29771568	29771569	1	LOC_Os01g51770
Deletion	Chr4	31250853	31250855	2	LOC_Os04g52560
Deletion	Chr3	34484716	34484721	5
Deletion	Chr2	35809575	35809580	5

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	22105273	22105273	1
Insertion	Chr3	7417105	7417106	2

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	8106863	8685880
Inversion	Chr11	19602278	19602386
Inversion	Chr8	20808723	20808884	LOC_Os08g33360
Inversion	Chr3	21195069	21195353	LOC_Os03g38170
Inversion	Chr11	24908341	24908572

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	1330010	Chr8	14822960
Translocation	Chr11	4926344	Chr7	6421522
Translocation	Chr7	11781006	Chr1	20049378	LOC_Os07g20410
Translocation	Chr7	11781174	Chr1	20049379	LOC_Os07g20410
Translocation	Chr12	15976550	Chr7	11781189	2
Translocation	Chr12	15977128	Chr7	11780997	2
Translocation	Chr11	25851451	Chr6	16300079

Main menu

You are here

Search Nipponbare