Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 42

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	40089933	C-G	HET
SBS	Chr10	16297997	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g31130
SBS	Chr10	3924360	T-C	HET
SBS	Chr10	7899135	C-T	Homo
SBS	Chr10	7899136	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g15079
SBS	Chr11	21009832	A-C	HET
SBS	Chr11	21548515	T-A	HET
SBS	Chr11	21700850	C-T	HET
SBS	Chr11	21700854	G-T	HET
SBS	Chr12	11760299	A-T	HET
SBS	Chr12	12425761	T-A	HET
SBS	Chr12	14298373	C-T	Homo
SBS	Chr12	168895	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g01290
SBS	Chr12	1813115	C-T	HET
SBS	Chr12	21554003	A-T	Homo
SBS	Chr2	4353988	C-T	HET
SBS	Chr2	9767386	C-T	HET
SBS	Chr3	11406150	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g20180
SBS	Chr3	13073337	G-A	HET
SBS	Chr3	13257933	G-A	HET
SBS	Chr3	18014668	G-C	HET
SBS	Chr3	20785466	C-T	HET
SBS	Chr3	28777327	G-T	Homo
SBS	Chr3	33041331	C-T	HET
SBS	Chr3	33589632	G-T	Homo
SBS	Chr4	16395076	G-T	HET
SBS	Chr4	17135403	G-A	HET
SBS	Chr4	17138586	A-G	HET
SBS	Chr4	29809959	G-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g49970
SBS	Chr4	29809960	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g49970
SBS	Chr4	30077013	A-G	HET
SBS	Chr4	407861	T-C	Homo
SBS	Chr5	16181265	G-A	Homo
SBS	Chr6	11197781	T-A	HET
SBS	Chr6	11197782	A-T	HET
SBS	Chr6	16565115	C-T	HET
SBS	Chr6	20008881	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g34380
SBS	Chr6	22308469	C-T	HET
SBS	Chr6	24593113	C-G	HET
SBS	Chr6	25801440	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g42940
SBS	Chr7	16445403	C-T	Homo
SBS	Chr8	5169462	G-T	Homo

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	574959	574981	22
Deletion	Chr8	8368102	8368106	4
Deletion	Chr11	11136043	11136049	6
Deletion	Chr8	11209419	11210414	995	LOC_Os08g18780
Deletion	Chr3	11659702	11659703	1
Deletion	Chr9	12708001	12784000	75999	11
Deletion	Chr9	12956001	12975000	18999	3
Deletion	Chr1	14433004	14433010	6
Deletion	Chr7	15062982	15062985	3
Deletion	Chr12	15590496	15590511	15
Deletion	Chr10	16256491	16256495	4
Deletion	Chr10	17212733	17212754	21
Deletion	Chr10	18320139	18320140	1	LOC_Os10g34370
Deletion	Chr6	26837998	26838004	6
Deletion	Chr7	28401001	28407000	5999	LOC_Os07g47500
Deletion	Chr2	31215577	31215582	5
Deletion	Chr4	34171789	34171889	100	LOC_Os04g57430

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr2	29911017	29911021	5
Insertion	Chr9	939763	939763	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	22758949	22759643
Inversion	Chr11	22758954	22803941

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	8667519	Chr11	23449746

Main menu