Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2664-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2664-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 57

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10946902	T-A	HET
SBS	Chr1	16558674	G-T	Homo
SBS	Chr1	19523791	T-C	HET
SBS	Chr1	20945656	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g37480
SBS	Chr1	25794233	G-A	HET
SBS	Chr1	29002498	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g50500
SBS	Chr1	5126922	A-G	HET
SBS	Chr10	1417487	C-T	HET
SBS	Chr10	1417492	C-G	HET
SBS	Chr10	20642242	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os10g38750
SBS	Chr10	21409725	A-G	HET
SBS	Chr11	11198798	G-A	HET
SBS	Chr11	11929098	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g20570
SBS	Chr11	19451937	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g32940
SBS	Chr11	24118545	A-T	HET
SBS	Chr12	10341670	G-A	Homo
SBS	Chr12	2913830	T-C	HET
SBS	Chr12	4703510	G-A	HET
SBS	Chr2	1870508	G-T	HET
SBS	Chr2	18855984	T-C	HET
SBS	Chr2	22994668	G-A	Homo
SBS	Chr2	29182101	G-A	HET
SBS	Chr2	528723	C-G	HET
SBS	Chr3	14638711	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g25580
SBS	Chr3	16112905	T-C	HET
SBS	Chr3	19985517	A-G	HET
SBS	Chr3	23771096	A-C	HET
SBS	Chr3	26996863	G-A	HET
SBS	Chr3	27998939	G-A	HET
SBS	Chr3	32486708	T-C	Homo
SBS	Chr3	9690927	T-A	Homo
SBS	Chr4	22966493	A-G	HET
SBS	Chr4	28257170	G-A	HET
SBS	Chr4	34708134	C-T	HET
SBS	Chr5	11125493	C-T	HET
SBS	Chr5	13764463	C-T	HET
SBS	Chr5	17848153	T-C	HET
SBS	Chr5	24663409	C-A	Homo
SBS	Chr5	4503488	G-T	Homo
SBS	Chr5	6096539	T-C	HET
SBS	Chr5	7022614	G-A	HET
SBS	Chr6	11648174	T-A	HET
SBS	Chr6	19306617	C-T	Homo
SBS	Chr6	2173649	A-T	Homo
SBS	Chr6	29357890	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g48530
SBS	Chr6	8475776	G-A	HET
SBS	Chr7	11389320	G-C	HET
SBS	Chr7	15938532	G-A	HET
SBS	Chr7	25221880	C-T	HET
SBS	Chr7	4631998	A-G	HET
SBS	Chr8	10638570	A-T	HET
SBS	Chr8	7874269	A-T	HET
SBS	Chr8	8305	G-A	HET
SBS	Chr9	1036762	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g02500
SBS	Chr9	18994308	G-A	HET
SBS	Chr9	3542439	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g07230
SBS	Chr9	4907812	G-T	HET

Deletions: 22

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	309086	309100	14	LOC_Os07g01490
Deletion	Chr9	1046435	1046443	8
Deletion	Chr4	2110938	2110958	20	LOC_Os04g04430
Deletion	Chr2	3724430	3724431	1	LOC_Os02g07250
Deletion	Chr1	9811276	9811283	7
Deletion	Chr6	10548381	10548384	3
Deletion	Chr6	10629535	10629542	7
Deletion	Chr1	13635805	13635807	2	LOC_Os01g24200
Deletion	Chr1	13650857	13650858	1
Deletion	Chr1	13917032	13917035	3
Deletion	Chr12	17823338	17823341	3	LOC_Os12g29820
Deletion	Chr11	18738128	18738134	6
Deletion	Chr1	22333165	22333166	1	LOC_Os01g39590
Deletion	Chr1	26136447	26136449	2
Deletion	Chr6	26876823	26876830	7
Deletion	Chr7	27470081	27470087	6	LOC_Os07g46030
Deletion	Chr11	27675576	27675590	14
Deletion	Chr6	31021001	31249000	227999	34
Deletion	Chr4	31760731	31760733	2
Deletion	Chr1	34020771	34020781	10
Deletion	Chr1	37460570	37460573	3	LOC_Os01g64560
Deletion	Chr1	39426188	39426189	1

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	7045053	7045053	1
Insertion	Chr12	15228442	15228455	14	LOC_Os12g26140
Insertion	Chr12	18133661	18133661	1
Insertion	Chr12	24099542	24099545	4
Insertion	Chr3	16078768	16078769	2
Insertion	Chr4	28716399	28716400	2

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	26948038	27196377
Inversion	Chr2	28939256	29057685	LOC_Os02g47400
Inversion	Chr2	28939257	29057692	LOC_Os02g47400

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	491068	Chr6	31023814

Main menu

You are here

Search Nipponbare