Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 52

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	14562502	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g25688
SBS	Chr1	22060509	C-T	HET
SBS	Chr1	5671382	C-T	HET
SBS	Chr10	659107	T-C	HET
SBS	Chr10	9698715	T-C	HET
SBS	Chr10	9698716	A-G	HET
SBS	Chr11	19655329	C-G	HET
SBS	Chr11	20050670	G-A	HET
SBS	Chr11	5928239	G-C	HET
SBS	Chr12	10047192	G-A	HET
SBS	Chr12	1933607	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g04550
SBS	Chr12	20315706	C-T	HET
SBS	Chr12	23853668	G-A	HET
SBS	Chr2	13273669	C-T	HET
SBS	Chr2	24936651	T-A	HET
SBS	Chr2	2576372	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g05360
SBS	Chr2	5425094	A-G	Homo
SBS	Chr2	6770951	A-T	Homo
SBS	Chr2	839856	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g02410
SBS	Chr3	18708023	C-G	HET
SBS	Chr3	19751163	G-A	HET
SBS	Chr3	27245734	C-T	HET
SBS	Chr3	5148029	G-T	HET
SBS	Chr4	11152782	G-T	HET
SBS	Chr4	16021497	C-A	HET
SBS	Chr4	16906017	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g28550
SBS	Chr4	22323938	C-G	Homo
SBS	Chr4	8251075	C-T	Homo
SBS	Chr5	18951325	A-G	HET
SBS	Chr5	19918387	C-T	HET
SBS	Chr5	2439330	A-C	HET
SBS	Chr5	24914904	A-G	HET
SBS	Chr5	27801535	T-C	HET
SBS	Chr5	5775765	C-T	HET
SBS	Chr5	8548598	T-C	HET
SBS	Chr5	9140200	C-T	HET
SBS	Chr5	9885112	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g17270
SBS	Chr6	14466302	C-T	HET
SBS	Chr6	28383275	G-A	HET
SBS	Chr6	6297141	T-C	HET
SBS	Chr6	6297149	G-A	HET
SBS	Chr6	8212931	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g14590
SBS	Chr7	14994510	C-T	HET
SBS	Chr7	18978586	G-A	HET
SBS	Chr8	11868671	G-A	HET
SBS	Chr8	13276658	C-T	HET
SBS	Chr9	14679892	C-T	HET
SBS	Chr9	21876495	A-T	HET
SBS	Chr9	21876498	A-G	HET
SBS	Chr9	4371345	T-C	HET
SBS	Chr9	9658128	C-G	Homo
SBS	Chr9	9658135	A-G	Homo

Deletions: 25

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	213994	213999	5
Deletion	Chr3	2766382	2766416	34
Deletion	Chr1	3059980	3059982	2
Deletion	Chr11	3971118	3971122	4	LOC_Os11g07790
Deletion	Chr2	5326961	5326972	11	LOC_Os02g10160
Deletion	Chr3	5617505	5617515	10
Deletion	Chr10	7844054	7844056	2
Deletion	Chr3	9339504	9339528	24
Deletion	Chr8	10774837	10774838	1
Deletion	Chr9	11396116	11396127	11
Deletion	Chr7	12872595	12872596	1
Deletion	Chr5	14859001	14904000	44999	7
Deletion	Chr4	16498562	16498574	12
Deletion	Chr7	17002361	17002369	8
Deletion	Chr2	19844275	19844277	2	LOC_Os02g33400
Deletion	Chr7	20911368	20911376	8
Deletion	Chr5	22987841	22987844	3
Deletion	Chr5	23758506	23758511	5	LOC_Os05g40440
Deletion	Chr7	24474030	24474035	5
Deletion	Chr5	26016820	26016826	6
Deletion	Chr1	26253062	26253068	6
Deletion	Chr1	27511491	27511497	6
Deletion	Chr5	29081508	29081514	6
Deletion	Chr3	33314658	33314665	7
Deletion	Chr4	35285173	35285174	1

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	9311321	9311322	2

No Inversion

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	32916	Chr3	23639478	2
Translocation	Chr10	10502838	Chr9	7055112
Translocation	Chr5	14966394	Chr2	28384013
Translocation	Chr6	25585467	Chr3	25151135	2
Translocation	Chr6	25585831	Chr3	25151131	2

Main menu