Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2670-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2670-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 71

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10905318	G-A	HET
SBS	Chr1	13863354	C-T	HET
SBS	Chr1	16933074	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g30980
SBS	Chr1	17516641	G-A	HET
SBS	Chr1	21565654	G-T	HET
SBS	Chr1	22310387	G-T	HET
SBS	Chr1	26026675	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g45810
SBS	Chr1	26741041	A-T	Homo
SBS	Chr1	467591	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g01850
SBS	Chr1	5256891	G-A	HET
SBS	Chr1	7035115	T-A	HET
SBS	Chr1	7207882	G-A	HET
SBS	Chr10	18499606	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g34694
SBS	Chr10	2048969	G-A	HET
SBS	Chr10	23184866	C-T	HET
SBS	Chr11	1302654	C-T	HET
SBS	Chr11	15306168	G-A	HET
SBS	Chr11	21616516	C-T	HET
SBS	Chr12	17334798	G-A	HET
SBS	Chr12	1997742	G-T	HET
SBS	Chr2	10449090	T-C	Homo
SBS	Chr2	10891842	C-A	Homo
SBS	Chr2	17739096	A-T	Homo
SBS	Chr2	33536377	T-C	HET
SBS	Chr3	16122771	C-T	Homo
SBS	Chr3	16858353	G-A	HET
SBS	Chr3	18373226	C-T	Homo
SBS	Chr3	20374514	A-T	Homo
SBS	Chr3	21547458	A-C	HET
SBS	Chr3	23945828	C-T	HET
SBS	Chr3	27670765	A-T	HET
SBS	Chr3	36191175	C-T	Homo
SBS	Chr3	4802555	A-T	HET
SBS	Chr3	902280	A-G	HET
SBS	Chr4	11966509	G-A	HET
SBS	Chr4	27631976	G-T	HET
SBS	Chr4	30349549	G-T	HET
SBS	Chr4	32809454	G-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os04g55190
SBS	Chr4	9249634	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g16910
SBS	Chr4	9861351	C-T	HET
SBS	Chr5	10345454	A-T	HET
SBS	Chr5	11719563	G-A	HET
SBS	Chr5	12886355	A-C	HET
SBS	Chr5	14870455	G-A	HET
SBS	Chr5	22083490	G-T	HET
SBS	Chr5	29045586	G-A	HET
SBS	Chr5	6581825	T-C	HET
SBS	Chr5	9860920	G-A	HET
SBS	Chr6	20183597	A-T	HET
SBS	Chr6	21931516	G-T	HET
SBS	Chr6	24595452	G-A	HET
SBS	Chr6	27312656	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g45170
SBS	Chr6	29380851	C-A	HET
SBS	Chr6	8519236	C-G	HET
SBS	Chr7	11557878	A-T	HET
SBS	Chr7	12935761	C-T	HET
SBS	Chr7	1599876	T-C	HET
SBS	Chr7	22115446	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g36940
SBS	Chr7	27582914	C-T	HET
SBS	Chr7	29601603	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g49430
SBS	Chr8	11936344	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g19930
SBS	Chr8	2065133	T-A	HET
SBS	Chr8	27984029	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g44500
SBS	Chr8	8531540	C-T	HET
SBS	Chr9	10101622	G-A	HET
SBS	Chr9	10425848	C-T	HET
SBS	Chr9	2145635	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g04130
SBS	Chr9	6348303	G-T	HET
SBS	Chr9	7804645	C-T	HET
SBS	Chr9	8047827	C-T	HET
SBS	Chr9	8314823	C-T	HET

Deletions: 26

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	69835	69836	1
Deletion	Chr1	356859	356861	2	LOC_Os01g01689
Deletion	Chr6	1150471	1150480	9
Deletion	Chr8	1381500	1381501	1
Deletion	Chr1	1677066	1677075	9
Deletion	Chr8	3421359	3421360	1
Deletion	Chr1	3423610	3423615	5
Deletion	Chr5	3998081	3998090	9
Deletion	Chr4	4710361	4710372	11	LOC_Os04g08670
Deletion	Chr1	7107586	7107587	1	LOC_Os01g12840
Deletion	Chr4	8073609	8073615	6
Deletion	Chr10	8365403	8365407	4
Deletion	Chr8	11416088	11416093	5
Deletion	Chr6	12275806	12275812	6
Deletion	Chr7	12960193	12960194	1
Deletion	Chr10	13126831	13126833	2
Deletion	Chr9	13749192	13749193	1	LOC_Os09g23190
Deletion	Chr5	13814225	13814238	13
Deletion	Chr8	13876905	13876934	29	LOC_Os08g23050
Deletion	Chr6	14286901	14286909	8
Deletion	Chr2	17256557	17256565	8
Deletion	Chr8	18770001	18805000	34999	4
Deletion	Chr3	21609473	21609475	2
Deletion	Chr1	22415418	22415422	4
Deletion	Chr8	24349849	24349850	1
Deletion	Chr1	30067058	30067059	1

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr2	29949475	29949476	2
Insertion	Chr5	4740328	4740357	30	LOC_Os05g08660

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	2462457	2675328
Inversion	Chr8	2462466	2676159
Inversion	Chr3	10300795	10301112	LOC_Os03g18380
Inversion	Chr10	16478869	17124054	2
Inversion	Chr10	16479154	17124055	2

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr8	2675333	Chr2	3777780
Translocation	Chr8	9803838	Chr6	9802277
Translocation	Chr11	10341713	Chr10	16478869
Translocation	Chr11	10341715	Chr10	16479149

Main menu

You are here

Search Nipponbare