Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 62

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	16331537	C-T	HET
SBS	Chr1	21742558	C-T	Homo
SBS	Chr1	28722456	G-A	Homo	STOP_GAINED	LOC_Os01g49980
SBS	Chr1	38831365	C-A	HET
SBS	Chr1	40050264	T-A	HET
SBS	Chr1	43224795	G-T	HET
SBS	Chr1	8100793	C-T	HET
SBS	Chr10	3208613	G-C	Homo
SBS	Chr11	13364323	T-C	HET
SBS	Chr11	19576786	A-G	HET
SBS	Chr11	19576787	C-T	HET
SBS	Chr11	22481005	T-C	Homo
SBS	Chr11	23030338	G-A	HET
SBS	Chr11	900365	A-G	HET
SBS	Chr12	14890733	C-G	HET
SBS	Chr12	22099640	A-T	HET
SBS	Chr12	26134875	T-C	HET
SBS	Chr12	3927016	A-T	HET
SBS	Chr12	9550822	G-A	HET
SBS	Chr12	9550823	G-A	HET
SBS	Chr2	10619018	T-C	HET
SBS	Chr2	15819925	G-A	HET
SBS	Chr2	18117385	C-T	HET
SBS	Chr2	20916218	A-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g34860
SBS	Chr2	25026307	C-T	HET
SBS	Chr2	29656941	C-T	HET
SBS	Chr2	32293566	C-A	HET
SBS	Chr2	6143260	G-C	HET
SBS	Chr2	7045062	C-G	HET
SBS	Chr2	7753634	T-A	HET
SBS	Chr3	14093618	C-T	HET
SBS	Chr3	14609627	C-A	HET
SBS	Chr3	14638929	G-A	HET
SBS	Chr3	15480831	A-C	Homo
SBS	Chr3	16696214	C-T	HET
SBS	Chr3	18551396	A-G	HET
SBS	Chr3	1871787	G-A	HET
SBS	Chr3	26675065	A-T	HET
SBS	Chr3	28425250	C-T	HET
SBS	Chr3	28816471	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g50480
SBS	Chr3	29422095	G-A	HET
SBS	Chr3	9614481	T-A	HET
SBS	Chr4	1294702	G-A	HET
SBS	Chr4	13723513	C-A	HET
SBS	Chr4	23152232	G-A	HET
SBS	Chr4	24261331	C-A	HET
SBS	Chr4	30278607	G-A	HET
SBS	Chr4	31678808	A-G	HET
SBS	Chr4	6286175	C-G	Homo
SBS	Chr5	18424727	C-T	Homo
SBS	Chr5	19251287	G-T	HET
SBS	Chr6	13610901	C-A	HET
SBS	Chr6	25913303	G-A	HET
SBS	Chr6	9690153	C-T	HET
SBS	Chr7	13285150	G-A	Homo
SBS	Chr7	26049440	A-T	HET
SBS	Chr7	9223392	A-G	Homo
SBS	Chr8	10777423	C-G	HET
SBS	Chr8	16240420	G-A	HET
SBS	Chr8	7242996	G-A	HET
SBS	Chr9	14600167	G-T	HET
SBS	Chr9	6660291	C-A	HET

Deletions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	1841472	1841478	6	LOC_Os01g04180
Deletion	Chr7	3438434	3438436	2
Deletion	Chr7	5190746	5190748	2	LOC_Os07g09740
Deletion	Chr10	5336278	5336280	2
Deletion	Chr3	10312245	10312247	2
Deletion	Chr6	11066158	11066163	5
Deletion	Chr3	11749635	11749637	2
Deletion	Chr5	12317782	12317789	7
Deletion	Chr11	15395134	15395138	4
Deletion	Chr3	15594571	15594573	2
Deletion	Chr8	15816845	15816850	5
Deletion	Chr3	16736698	16736704	6
Deletion	Chr10	17429024	17429026	2
Deletion	Chr5	27740419	27740423	4
Deletion	Chr1	33259891	33259905	14
Deletion	Chr4	33293001	33363000	69999	9
Deletion	Chr4	33373001	33383000	9999	3
Deletion	Chr4	34209026	34209027	1

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr2	2106504	2106505	2

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	21362993	21807950	LOC_Os06g36380

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	10087162	Chr8	21909928
Translocation	Chr12	10876714	Chr6	21363007	2
Translocation	Chr11	10924804	Chr2	9811843
Translocation	Chr10	11149691	Chr9	9850705
Translocation	Chr12	13939084	Chr9	681883	2
Translocation	Chr12	13939600	Chr9	681879	2

Main menu