Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 36

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11376339	T-C	HET
SBS	Chr1	12268379	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g21860
SBS	Chr1	13479333	G-T	HET
SBS	Chr1	15211887	C-T	HET
SBS	Chr1	2035816	C-T	HET
SBS	Chr1	33773067	C-T	HET
SBS	Chr1	34253664	G-A	HET
SBS	Chr1	35574975	C-A	HET
SBS	Chr1	36594298	G-A	HET
SBS	Chr10	17669352	G-A	HET
SBS	Chr10	557289	C-A	Homo
SBS	Chr10	7955732	C-T	HET
SBS	Chr11	28376916	A-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g47180
SBS	Chr2	14041640	T-C	HET
SBS	Chr2	23207238	C-T	HET
SBS	Chr2	24053515	C-A	HET
SBS	Chr4	14071034	A-G	HET
SBS	Chr4	21935240	G-A	Homo
SBS	Chr4	26276766	G-A	HET
SBS	Chr4	26816332	C-T	HET
SBS	Chr4	32044354	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g53770
SBS	Chr4	4745373	C-T	HET
SBS	Chr4	8200486	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g14620
SBS	Chr5	17328	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g00996
SBS	Chr5	21378018	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g36080
SBS	Chr5	29615660	A-G	Homo
SBS	Chr5	9456321	A-T	Homo
SBS	Chr6	23629529	A-T	HET
SBS	Chr7	13840115	G-A	Homo
SBS	Chr7	2074509	C-T	HET
SBS	Chr7	416868	A-T	HET
SBS	Chr8	3428429	T-A	HET
SBS	Chr9	21767828	C-T	HET
SBS	Chr9	3494189	G-C	HET
SBS	Chr9	4740882	T-G	HET
SBS	Chr9	6552843	C-G	HET

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	2825630	2825633	3
Deletion	Chr2	3355055	3355067	12
Deletion	Chr10	6336022	6336029	7	LOC_Os10g11454
Deletion	Chr12	9474001	9481000	6999	3
Deletion	Chr4	11356539	11356540	1
Deletion	Chr7	12175990	12175991	1
Deletion	Chr9	12466085	12466093	8
Deletion	Chr6	17882934	17882967	33
Deletion	Chr9	20748524	20748525	1
Deletion	Chr11	21450338	21450341	3
Deletion	Chr3	23665286	23665296	10	LOC_Os03g42530
Deletion	Chr8	24890241	24890242	1
Deletion	Chr6	26199058	26199060	2
Deletion	Chr2	26711159	26711164	5
Deletion	Chr3	31409829	31409837	8

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	20503460	20503461	2
Insertion	Chr11	21226713	21226713	1
Insertion	Chr7	4450627	4450627	1
Insertion	Chr8	12481418	12481418	1
Insertion	Chr9	12615143	12615143	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	8978935	9473711
Inversion	Chr12	11163132	11742186	2

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	8988729	Chr3	15237599	LOC_Os12g15740
Translocation	Chr12	12144258	Chr5	5504595	2
Translocation	Chr12	15658464	Chr8	15380814
Translocation	Chr7	26194254	Chr4	4570643	2

Main menu