Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2684-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2684-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 61

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	4170920	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g08460
SBS	Chr1	19036408	C-T	Homo
SBS	Chr1	23169842	T-A	HET
SBS	Chr1	25419786	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g44310
SBS	Chr1	30875849	A-C	HET
SBS	Chr2	32716315	T-A	Homo
SBS	Chr2	34956174	G-T	HET
SBS	Chr3	1705347	C-T	Homo
SBS	Chr3	11950566	C-T	HET
SBS	Chr3	26746674	G-A	HET
SBS	Chr3	27065449	T-A	HET
SBS	Chr4	3116779	C-T	Homo	STOP_GAINED	LOC_Os04g06010
SBS	Chr4	13374919	G-A	HET
SBS	Chr4	21027076	G-A	HET
SBS	Chr4	26353955	T-C	Homo
SBS	Chr4	33038700	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g55530
SBS	Chr5	315836	G-T	HET
SBS	Chr5	6080539	G-A	HET
SBS	Chr5	13766497	C-T	HET
SBS	Chr5	22861731	T-C	HET
SBS	Chr5	26710025	C-T	HET
SBS	Chr6	5567289	G-A	HET
SBS	Chr6	6682143	G-T	HET
SBS	Chr6	15717094	C-T	Homo
SBS	Chr6	17282586	C-T	HET
SBS	Chr6	17740082	C-A	HET
SBS	Chr6	26748250	G-A	Homo
SBS	Chr6	26844928	T-A	Homo
SBS	Chr7	5237288	T-C	HET
SBS	Chr7	15064457	C-T	HET
SBS	Chr7	16551747	C-T	HET
SBS	Chr7	17741476	T-C	HET
SBS	Chr7	18117031	C-T	HET
SBS	Chr7	18452965	T-C	HET
SBS	Chr7	23893812	C-T	HET
SBS	Chr8	5761280	C-T	HET
SBS	Chr8	7804279	C-T	HET
SBS	Chr8	10725783	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g17520
SBS	Chr8	12670755	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g21220
SBS	Chr8	17745014	G-A	HET
SBS	Chr9	2437908	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g04570
SBS	Chr9	7324107	C-T	HET
SBS	Chr9	9890628	T-A	HET
SBS	Chr9	11214995	A-G	HET
SBS	Chr9	12833479	C-A	HET
SBS	Chr9	17225773	T-G	HET
SBS	Chr9	19756845	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g33500
SBS	Chr9	22285135	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g38784
SBS	Chr10	5348307	T-G	HET
SBS	Chr10	9770613	C-T	HET
SBS	Chr10	9770614	C-T	HET
SBS	Chr10	11165745	G-T	HET
SBS	Chr11	3908550	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g07650
SBS	Chr11	6441880	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g11580
SBS	Chr11	12961857	A-G	HET
SBS	Chr11	18573528	C-G	HET
SBS	Chr11	24176897	A-G	HET
SBS	Chr12	8379405	T-A	HET
SBS	Chr12	8457282	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g14780
SBS	Chr12	11468824	T-G	Homo
SBS	Chr12	13784342	C-T	HET

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	1938415	1938466	51
Deletion	Chr11	2309001	2309011	10
Deletion	Chr7	9211965	9211970	5
Deletion	Chr11	14937244	14937248	4
Deletion	Chr6	16238429	16238430	1
Deletion	Chr7	18312001	18337000	24999	5
Deletion	Chr7	18339895	18339906	11
Deletion	Chr4	20233913	20233925	12
Deletion	Chr3	21511411	21511412	1
Deletion	Chr8	22288174	22288181	7
Deletion	Chr3	29603664	29603666	2

Insertions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	25985294	25985296	3
Insertion	Chr1	25988440	25988441	2
Insertion	Chr6	16890042	16890045	4
Insertion	Chr10	9187948	9187951	4
Insertion	Chr11	10150034	10150034	1
Insertion	Chr10	5512865	5512865	1
Insertion	Chr11	2897442	2897442	1
Insertion	Chr12	22349029	22349029	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	3616807	3626773	LOC_Os08g06440
Inversion	Chr8	3626784	3690058

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr4	12144040	Chr2	8032110
Translocation	Chr8	18930657	Chr1	3645065
Translocation	Chr7	22455724	Chr5	7557104
Translocation	Chr11	28348469	Chr1	23459733

Main menu

You are here

Search Results