Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2689-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2689-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 65

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	19641656	A-G	HET
SBS	Chr1	29090379	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g50640
SBS	Chr1	29476962	T-A	HET
SBS	Chr1	29476963	G-A	HET
SBS	Chr1	33024502	G-T	HET
SBS	Chr2	137440	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g01250
SBS	Chr2	137441	A-T	HET
SBS	Chr2	10638002	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g18320
SBS	Chr2	10891598	G-A	HET
SBS	Chr2	19456416	C-A	HET
SBS	Chr2	27401174	C-T	HET
SBS	Chr2	30722275	T-C	HET
SBS	Chr3	2671127	T-A	HET
SBS	Chr3	3746328	C-T	HET
SBS	Chr3	5412325	G-T	HET
SBS	Chr3	11760356	A-C	HET
SBS	Chr3	18783280	A-G	HET
SBS	Chr3	26968831	C-T	HET
SBS	Chr3	30156907	T-A	HET
SBS	Chr4	1064683	G-T	HET
SBS	Chr4	2906101	C-A	HET
SBS	Chr4	4579776	G-A	Homo
SBS	Chr4	5434299	C-T	HET
SBS	Chr4	10509094	C-G	HET
SBS	Chr4	10942260	A-T	HET
SBS	Chr4	12364988	G-T	HET
SBS	Chr4	18192489	T-C	HET
SBS	Chr4	26924732	C-T	HET
SBS	Chr4	29989942	C-G	HET
SBS	Chr5	7752087	A-G	HET
SBS	Chr5	8407044	C-T	HET
SBS	Chr5	18543558	C-G	HET
SBS	Chr5	19604004	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g33370
SBS	Chr6	6530597	C-T	HET
SBS	Chr6	11043341	G-A	HET
SBS	Chr6	13256328	A-G	HET
SBS	Chr6	17364138	G-A	Homo
SBS	Chr6	19605660	C-A	HET
SBS	Chr6	27999366	C-T	HET
SBS	Chr7	2876601	C-T	HET
SBS	Chr7	6408202	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g11610
SBS	Chr7	6893162	G-C	HET
SBS	Chr7	8639722	C-T	HET
SBS	Chr7	8904252	C-T	HET
SBS	Chr7	9195737	C-A	HET
SBS	Chr7	10849164	A-T	HET
SBS	Chr7	12777908	G-T	HET
SBS	Chr7	20517202	T-C	HET
SBS	Chr8	2773536	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g05290
SBS	Chr8	2773537	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g05290
SBS	Chr8	6685630	T-C	HET
SBS	Chr8	9955422	G-A	HET
SBS	Chr8	17622214	G-A	HET
SBS	Chr8	17622216	A-G	HET
SBS	Chr8	21868870	A-T	HET
SBS	Chr9	5422848	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g09960
SBS	Chr9	9294905	A-T	HET
SBS	Chr10	4891910	G-C	HET
SBS	Chr11	15631616	G-C	HET
SBS	Chr12	3995526	A-G	Homo
SBS	Chr12	6596307	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g12040
SBS	Chr12	14980768	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os12g25830
SBS	Chr12	16453929	G-A	HET
SBS	Chr12	19221222	C-A	Homo
SBS	Chr12	25081286	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g40530

Deletions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	1878065	1878066	1
Deletion	Chr4	8613030	8613032	2
Deletion	Chr1	13248001	13260000	11999	LOC_Os01g23590
Deletion	Chr11	16493936	16493938	2
Deletion	Chr2	20531529	20531530	1
Deletion	Chr4	26226001	26418000	191999	35
Deletion	Chr6	28212001	28228000	15999	LOC_Os06g46480

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr8	28089917	28089917	1	LOC_Os08g44700
Insertion	Chr12	13921592	13921594	3

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	9451764	9452591

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	3450407	Chr5	22764034	LOC_Os12g07050
Translocation	Chr12	3450424	Chr5	22764134	LOC_Os12g07050
Translocation	Chr6	6624897	Chr4	2698977
Translocation	Chr4	8443444	Chr1	29749649
Translocation	Chr11	9355078	Chr8	9822301
Translocation	Chr7	10504306	Chr1	19823022
Translocation	Chr11	21129300	Chr1	19234828
Translocation	Chr12	21962545	Chr1	11341442
Translocation	Chr11	27734647	Chr5	23584211	2

Main menu

You are here

Search Results