Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 53

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12876623	T-C	HET
SBS	Chr1	12988430	A-T	HET
SBS	Chr1	1979454	A-T	HET
SBS	Chr1	28050462	A-G	Homo
SBS	Chr1	29586615	C-T	Homo
SBS	Chr1	29857391	G-T	Homo
SBS	Chr1	36906781	C-T	HET
SBS	Chr1	41506225	G-A	HET
SBS	Chr1	727322	G-A	HET
SBS	Chr10	11562726	T-A	HET
SBS	Chr11	10354476	C-A	HET
SBS	Chr11	20224744	G-A	HET
SBS	Chr11	21015169	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g35800
SBS	Chr12	9280110	G-A	HET
SBS	Chr2	18839604	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g31890
SBS	Chr2	28262906	C-T	HET
SBS	Chr2	30640766	T-C	HET
SBS	Chr2	8298771	T-C	HET
SBS	Chr3	1390732	G-A	HET
SBS	Chr3	14838189	G-A	HET
SBS	Chr3	16721893	T-C	HET
SBS	Chr3	1685125	G-A	HET
SBS	Chr3	21965562	T-C	HET
SBS	Chr3	29419488	C-A	Homo
SBS	Chr3	33254693	A-G	HET
SBS	Chr3	34684298	T-A	HET
SBS	Chr3	35772340	A-T	HET
SBS	Chr3	4872303	A-T	HET
SBS	Chr3	4872304	A-T	HET
SBS	Chr4	20266309	G-T	HET
SBS	Chr4	23005480	G-A	HET
SBS	Chr4	23931311	G-A	HET
SBS	Chr4	26019485	T-G	HET
SBS	Chr5	17781665	G-C	HET
SBS	Chr5	23776174	C-G	HET
SBS	Chr5	24434858	G-A	HET
SBS	Chr5	24434859	G-A	HET
SBS	Chr5	7914961	G-A	Homo
SBS	Chr6	16190517	G-A	HET
SBS	Chr6	21245083	T-G	HET
SBS	Chr6	27686117	C-T	HET
SBS	Chr6	28634932	G-A	HET
SBS	Chr6	5324009	G-A	HET
SBS	Chr6	7618108	A-T	HET
SBS	Chr7	16880205	C-T	Homo
SBS	Chr7	22267550	T-G	HET
SBS	Chr8	17705595	C-A	HET
SBS	Chr8	1899404	G-A	HET
SBS	Chr8	3338955	T-A	HET
SBS	Chr8	3601476	C-T	HET
SBS	Chr8	4877491	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g08460
SBS	Chr8	5877772	A-G	HET
SBS	Chr9	8367595	C-T	HET

Deletions: 20

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	40001	126000	85999	13
Deletion	Chr9	131001	166000	34999	5
Deletion	Chr9	626001	645000	18999	2
Deletion	Chr3	6367496	6367499	3
Deletion	Chr1	7508226	7508233	7	LOC_Os01g13470
Deletion	Chr4	8704472	8704480	8
Deletion	Chr1	9257793	9257794	1
Deletion	Chr1	10102016	10102024	8	LOC_Os01g18050
Deletion	Chr9	13656002	13656009	7
Deletion	Chr9	13943001	13983000	39999	7
Deletion	Chr1	15166962	15166965	3
Deletion	Chr12	16909925	16909935	10	LOC_Os12g28590
Deletion	Chr5	17990132	17990136	4
Deletion	Chr5	20477001	20966000	488999	75
Deletion	Chr5	20975001	21219000	243999	37
Deletion	Chr10	21451764	21451765	1
Deletion	Chr5	21634001	21711000	76999	14
Deletion	Chr3	24953619	24953636	17
Deletion	Chr8	27820285	27820287	2
Deletion	Chr2	31410083	31410088	5

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	13580486	13580487	2
Insertion	Chr11	14431284	14431286	3

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	13861372	14118931
Inversion	Chr9	13861391	13902753	2
Inversion	Chr7	24795060	24851749

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr3	9428792	Chr1	16513483	2
Translocation	Chr7	10937853	Chr2	12124772
Translocation	Chr12	13379949	Chr11	6114398
Translocation	Chr12	20668660	Chr4	32884495	LOC_Os12g34104

Main menu