Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 56

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	17869762	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g32574
SBS	Chr1	32687294	C-T	Homo
SBS	Chr1	32881072	T-C	Homo
SBS	Chr10	14548165	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g28030
SBS	Chr10	8250356	C-T	HET
SBS	Chr11	12896705	G-C	Homo
SBS	Chr11	18810787	C-G	HET
SBS	Chr11	2937727	T-A	HET
SBS	Chr11	9266171	T-G	HET
SBS	Chr12	10632186	C-T	HET
SBS	Chr12	14285489	C-T	HET
SBS	Chr12	22546728	T-A	HET
SBS	Chr2	10877203	T-G	HET
SBS	Chr2	26403679	T-C	HET
SBS	Chr2	27638002	C-A	Homo
SBS	Chr2	3579220	G-A	Homo
SBS	Chr3	17095852	A-G	HET
SBS	Chr3	31985830	G-A	HET
SBS	Chr3	6442551	A-G	HET
SBS	Chr3	8627041	G-A	HET
SBS	Chr3	8627042	A-T	HET
SBS	Chr3	9614084	C-T	HET
SBS	Chr4	10191396	C-A	HET
SBS	Chr4	13459865	A-G	HET
SBS	Chr4	15996126	G-A	HET
SBS	Chr4	2374177	G-T	HET
SBS	Chr4	26445094	A-G	HET
SBS	Chr4	28713943	T-C	Homo
SBS	Chr4	4883507	C-G	HET
SBS	Chr5	1896467	T-A	HET
SBS	Chr5	19106505	C-T	HET
SBS	Chr5	1919616	T-A	HET
SBS	Chr5	19876312	G-A	HET
SBS	Chr5	23090816	C-T	HET
SBS	Chr5	26122917	A-T	HET
SBS	Chr5	26122918	G-A	HET
SBS	Chr6	11280955	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g19730
SBS	Chr6	16933699	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g29560
SBS	Chr6	27144072	A-T	HET
SBS	Chr7	12315401	C-T	HET
SBS	Chr7	2654205	T-C	HET
SBS	Chr7	26854960	G-T	HET
SBS	Chr7	4283218	G-A	HET
SBS	Chr7	5133398	T-C	HET
SBS	Chr8	10993651	G-A	Homo
SBS	Chr8	19513430	G-T	HET
SBS	Chr8	3324647	C-T	HET
SBS	Chr8	4115814	T-C	HET
SBS	Chr8	6668657	T-A	HET
SBS	Chr9	10214908	A-G	HET
SBS	Chr9	12629607	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g20970
SBS	Chr9	16141239	A-G	HET
SBS	Chr9	21627895	G-T	HET
SBS	Chr9	21923468	C-A	HET
SBS	Chr9	3528595	G-A	HET
SBS	Chr9	6342171	A-C	HET

Deletions: 26

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Deletion	Chr3	369147	369161	14
Deletion	Chr3	1089824	1089843	19
Deletion	Chr8	1775958	1775978	20
Deletion	Chr5	1899882	1899883	1
Deletion	Chr5	2001364	2001379	15
Deletion	Chr5	2505731	2505748	17
Deletion	Chr4	5236757	5236760	3
Deletion	Chr6	5649159	5649160	1
Deletion	Chr1	6946260	6946275	15
Deletion	Chr7	8494657	8494659	2
Deletion	Chr8	9415605	9415606	1
Deletion	Chr3	10110931	10110936	5
Deletion	Chr2	11565770	11565776	6
Deletion	Chr10	12145717	12145734	17
Deletion	Chr7	13260129	13260130	1
Deletion	Chr7	14141612	14141613	1
Deletion	Chr5	14305783	14305784	1
Deletion	Chr3	17390077	17390086	9
Deletion	Chr6	20723856	20723857	1
Deletion	Chr2	23838848	23838861	13
Deletion	Chr3	24733820	24733822	2
Deletion	Chr6	25114350	25114352	2
Deletion	Chr1	28397344	28397345	1
Deletion	Chr3	29728155	29728179	24
Deletion	Chr1	39246658	39246682	24
Deletion	Chr1	39331060	39331065	5

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr12	25174117	25174118	2
Insertion	Chr3	17087486	17087487	2
Insertion	Chr4	5214068	5214070	3
Insertion	Chr6	27890459	27890460	2
Insertion	Chr6	28573310	28573311	2
Insertion	Chr8	551157	551158	2
Insertion	Chr9	12792840	12792840	1

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	10412514	10412739	LOC_Os06g17920
Inversion	Chr1	11130501	11130705	LOC_Os01g19630
Inversion	Chr8	21169429	21169539	LOC_Os08g33810

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	754802	Chr2	4019117
Translocation	Chr12	8980230	Chr7	10825617	2
Translocation	Chr6	13904216	Chr1	34601118	2
Translocation	Chr3	17497157	Chr2	29156147	LOC_Os03g30710

Main menu