Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2701-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2701-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 60

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15808304	A-C	HET
SBS	Chr1	25950263	G-T	HET
SBS	Chr1	26322814	G-A	HET
SBS	Chr1	4923166	G-C	Homo
SBS	Chr10	15254886	A-G	HET
SBS	Chr10	16836606	G-A	HET
SBS	Chr10	4603695	C-T	HET
SBS	Chr11	13477973	G-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g23810
SBS	Chr11	15230336	G-A	HET
SBS	Chr11	15653368	A-G	HET
SBS	Chr11	16214270	T-A	Homo
SBS	Chr11	16214271	G-T	Homo
SBS	Chr11	18239688	C-G	HET
SBS	Chr11	24337677	G-T	HET
SBS	Chr11	6208583	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g11220
SBS	Chr11	6208584	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g11220
SBS	Chr12	1445897	T-C	HET
SBS	Chr12	20298468	G-A	HET
SBS	Chr12	7190203	T-C	HET
SBS	Chr2	12191261	C-T	HET
SBS	Chr2	12370439	C-T	HET
SBS	Chr2	22557277	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g37309
SBS	Chr2	26373301	T-C	HET
SBS	Chr2	29760710	A-C	HET
SBS	Chr2	34057511	G-A	HET
SBS	Chr2	9609019	A-C	Homo
SBS	Chr3	17308543	G-C	HET
SBS	Chr3	201258	A-T	HET
SBS	Chr3	28511290	G-T	HET
SBS	Chr3	32647310	G-A	HET
SBS	Chr3	5770672	T-A	HET
SBS	Chr3	6552299	C-T	HET
SBS	Chr3	9913981	C-T	HET
SBS	Chr4	20745018	G-A	HET
SBS	Chr4	22483967	C-T	Homo
SBS	Chr4	2401257	C-A	HET
SBS	Chr4	25125977	G-T	Homo
SBS	Chr4	34177408	G-T	HET
SBS	Chr4	4288808	T-G	HET
SBS	Chr4	4556679	G-A	HET
SBS	Chr5	12846684	C-G	HET
SBS	Chr5	13017311	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g22900
SBS	Chr5	24858727	C-T	HET
SBS	Chr5	6924407	G-A	HET
SBS	Chr6	17240956	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g29940
SBS	Chr6	26467561	G-A	HET
SBS	Chr6	29307429	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g48440
SBS	Chr6	5175295	C-G	HET
SBS	Chr6	7919247	T-A	HET
SBS	Chr7	25226168	T-A	Homo
SBS	Chr7	5466940	C-T	Homo
SBS	Chr8	13988786	G-A	HET
SBS	Chr8	16590384	G-A	HET
SBS	Chr8	17254044	C-T	HET
SBS	Chr8	17254045	C-T	HET
SBS	Chr8	26776776	A-T	HET
SBS	Chr8	2736978	G-C	HET
SBS	Chr8	27815315	T-C	HET
SBS	Chr8	7224919	A-T	HET
SBS	Chr9	5150424	T-A	Homo

Deletions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	2619444	2619448	4
Deletion	Chr4	4523001	4615000	91999	9
Deletion	Chr7	5647409	5647410	1
Deletion	Chr2	5960065	5960071	6
Deletion	Chr9	13673001	13998000	324999	44
Deletion	Chr11	15957430	15957450	20	LOC_Os11g27730
Deletion	Chr11	23775001	23789000	13999	3
Deletion	Chr11	23861318	23861320	2
Deletion	Chr12	24508828	24508833	5
Deletion	Chr1	26159001	26208000	48999	9
Deletion	Chr3	26208590	26208593	3	LOC_Os03g46340
Deletion	Chr2	35361239	35361244	5

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	5985524	5985524	1
Insertion	Chr4	2364347	2364347	1
Insertion	Chr4	4829351	4829354	4
Insertion	Chr9	13801855	13801855	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	13458080	13459178	LOC_Os03g23250

Translocations: 15

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	842534	Chr2	23902075
Translocation	Chr11	845474	Chr4	4909211	LOC_Os11g02640
Translocation	Chr5	2487537	Chr1	28210930	2
Translocation	Chr4	3642510	Chr2	32366191
Translocation	Chr4	4908838	Chr2	23902086
Translocation	Chr9	6411308	Chr4	11023516	2
Translocation	Chr10	7058279	Chr7	10666260
Translocation	Chr5	11421900	Chr1	15460374	LOC_Os05g19610
Translocation	Chr10	12225920	Chr6	28434623
Translocation	Chr10	12429128	Chr8	11339335
Translocation	Chr3	16447027	Chr2	25541495
Translocation	Chr6	16817203	Chr1	29886750
Translocation	Chr7	16928313	Chr4	6466726
Translocation	Chr12	19406422	Chr5	29434728	2
Translocation	Chr11	27760513	Chr7	26194069	LOC_Os11g45890

Main menu

You are here

Search Nipponbare