Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 43

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	16929932	T-C	HET
SBS	Chr1	17300450	C-T	HET
SBS	Chr1	23444580	T-C	HET
SBS	Chr1	23721885	A-G	HET
SBS	Chr1	31966235	G-A	HET
SBS	Chr1	32783779	C-T	HET
SBS	Chr10	12953767	G-T	HET
SBS	Chr11	11093038	A-G	HET
SBS	Chr11	17154966	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g29570
SBS	Chr11	20015709	A-T	Homo
SBS	Chr11	24856870	T-A	Homo
SBS	Chr11	3860665	A-T	HET
SBS	Chr11	6655684	C-T	HET
SBS	Chr12	11182667	C-G	HET
SBS	Chr12	14261050	A-G	HET
SBS	Chr12	27367439	A-G	HET
SBS	Chr12	8147260	G-A	HET
SBS	Chr12	9961778	C-T	HET
SBS	Chr2	22047628	T-C	HET
SBS	Chr2	25502945	A-T	HET
SBS	Chr2	28803505	C-T	Homo
SBS	Chr2	4374852	T-A	HET
SBS	Chr2	4374854	C-T	HET
SBS	Chr2	4808247	C-G	HET
SBS	Chr3	26983776	A-G	HET
SBS	Chr3	587919	G-A	HET
SBS	Chr4	27585142	C-A	HET
SBS	Chr4	34612228	A-G	HET
SBS	Chr4	35387536	T-A	HET
SBS	Chr4	7810699	C-T	HET
SBS	Chr5	12299904	G-A	HET
SBS	Chr5	4648611	A-T	HET
SBS	Chr5	805143	T-C	HET
SBS	Chr5	8654875	C-T	HET
SBS	Chr6	16174146	G-A	HET
SBS	Chr7	17025332	C-T	Homo
SBS	Chr7	21109395	G-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os07g35260
SBS	Chr7	24205706	C-T	HET
SBS	Chr7	24205708	T-G	HET
SBS	Chr7	26626482	T-A	HET
SBS	Chr7	9765645	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g16630
SBS	Chr8	23080259	G-A	HET
SBS	Chr9	16024299	T-C	Homo

Deletions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	33200	33203	3	LOC_Os04g01040
Deletion	Chr5	1407321	1407326	5
Deletion	Chr11	15112744	15112752	8
Deletion	Chr5	15367859	15367860	1
Deletion	Chr7	17517322	17517331	9
Deletion	Chr5	22089731	22089732	1
Deletion	Chr1	26001001	26010000	8999	3
Deletion	Chr1	37704058	37704108	50

Insertions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	29173556	29173556	1
Insertion	Chr1	31479258	31479259	2
Insertion	Chr11	2223728	2223731	4
Insertion	Chr4	26597673	26597673	1
Insertion	Chr4	8954481	8954481	1
Insertion	Chr7	24552898	24552898	1
Insertion	Chr7	4279990	4279990	1
Insertion	Chr8	6937929	6937929	1
Insertion	Chr8	7530426	7530426	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	26019304	26339249	LOC_Os01g45800
Inversion	Chr1	26019326	26339259	LOC_Os01g45800

Translocations: 19

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	1001717	Chr2	15292871	2
Translocation	Chr8	1838980	Chr6	3393334	LOC_Os08g03850
Translocation	Chr5	2957482	Chr4	6065595
Translocation	Chr9	4757291	Chr8	10071806
Translocation	Chr8	5495785	Chr2	10021530
Translocation	Chr5	6363248	Chr4	16099714	2
Translocation	Chr5	6652331	Chr4	1448385	2
Translocation	Chr8	8367747	Chr2	16567990	LOC_Os08g13960
Translocation	Chr3	8825038	Chr2	19352215
Translocation	Chr10	9694951	Chr3	16766814
Translocation	Chr9	11379209	Chr6	7774338	2
Translocation	Chr10	11440251	Chr3	13483592
Translocation	Chr11	13474800	Chr9	3412368	2
Translocation	Chr12	14086274	Chr8	10124017	2
Translocation	Chr7	14194575	Chr4	13542934
Translocation	Chr6	15604834	Chr2	10499187
Translocation	Chr8	19809062	Chr7	13487007
Translocation	Chr12	25668507	Chr6	4479379
Translocation	Chr11	28627443	Chr4	35224945

Main menu