Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 49

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11522385	T-A	HET
SBS	Chr1	15964990	A-G	HET
SBS	Chr1	17773409	A-T	HET
SBS	Chr1	17773410	C-A	HET
SBS	Chr1	22645792	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g40150
SBS	Chr1	28894310	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g50340
SBS	Chr1	7069876	G-A	HET
SBS	Chr11	21233567	A-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os11g36120
SBS	Chr11	24816707	G-A	HET
SBS	Chr11	27032811	C-T	HET
SBS	Chr11	5937372	A-G	Homo
SBS	Chr11	9951543	C-G	HET
SBS	Chr2	22022041	A-C	HET
SBS	Chr2	23431602	C-T	Homo
SBS	Chr2	23592516	G-A	Homo
SBS	Chr2	7257335	G-A	HET
SBS	Chr2	9349472	G-A	HET
SBS	Chr3	10470862	T-G	HET
SBS	Chr3	2443152	T-C	Homo
SBS	Chr3	28958601	T-C	HET
SBS	Chr3	34253950	C-A	HET
SBS	Chr3	34253951	G-T	HET
SBS	Chr3	35040131	C-T	HET
SBS	Chr3	3894122	C-T	HET
SBS	Chr3	4803925	A-C	HET
SBS	Chr4	10914823	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os04g19590
SBS	Chr4	13549244	C-T	HET
SBS	Chr4	14097865	C-T	HET
SBS	Chr4	6466499	G-A	HET
SBS	Chr5	17828992	G-T	HET
SBS	Chr5	20143979	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g34090
SBS	Chr5	6026366	G-T	HET
SBS	Chr5	6026367	G-T	HET
SBS	Chr5	8667222	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g15280
SBS	Chr6	14436625	G-A	Homo
SBS	Chr6	30100159	A-T	HET
SBS	Chr6	4015493	A-T	Homo
SBS	Chr6	7285138	C-T	HET
SBS	Chr7	11762115	C-A	HET
SBS	Chr7	18906855	A-T	HET
SBS	Chr7	19834313	G-C	HET
SBS	Chr8	12027902	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g20060
SBS	Chr8	22284208	C-G	Homo
SBS	Chr8	24372104	T-G	Homo
SBS	Chr8	24774371	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g39220
SBS	Chr8	5804008	T-A	HET
SBS	Chr8	8892745	G-A	HET
SBS	Chr9	2156927	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g04150
SBS	Chr9	2375372	G-A	HET

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	1650230	1650232	2
Deletion	Chr12	2335196	2335205	9
Deletion	Chr12	2967001	3075000	107999	16
Deletion	Chr7	4453813	4453827	14	LOC_Os07g08640
Deletion	Chr7	4672378	4672382	4
Deletion	Chr7	11514259	11514264	5	LOC_Os07g19470
Deletion	Chr4	13144400	13144410	10
Deletion	Chr8	15171857	15171948	91
Deletion	Chr3	16110380	16110381	1
Deletion	Chr6	17276717	17276726	9
Deletion	Chr12	17870219	17870222	3	LOC_Os12g29890
Deletion	Chr12	17899568	17899575	7
Deletion	Chr5	19162868	19162871	3	LOC_Os05g32720
Deletion	Chr5	27345349	27345359	10
Deletion	Chr1	30592679	30592688	9

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr3	23153885	23153886	2
Insertion	Chr4	12265757	12265757	1
Insertion	Chr5	21673471	21673473	3
Insertion	Chr6	26597810	26597811	2

No Inversion

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	11386671	Chr3	11890682	LOC_Os04g20350
Translocation	Chr8	12452212	Chr2	31055572	2
Translocation	Chr8	12452652	Chr2	31055552	2
Translocation	Chr7	13779484	Chr5	27916519	LOC_Os07g24230
Translocation	Chr5	13933298	Chr1	31269223
Translocation	Chr9	18111496	Chr5	27923771	LOC_Os09g29800
Translocation	Chr5	20367563	Chr3	16525221	2
Translocation	Chr8	27625769	Chr3	8424106
Translocation	Chr5	28312743	Chr3	11891252

Main menu