Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 39

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	17287297	G-A	Homo
SBS	Chr1	19014604	T-A	Homo
SBS	Chr1	27274591	A-C	HET
SBS	Chr1	28637786	C-T	Homo
SBS	Chr1	32885325	T-A	Homo
SBS	Chr1	41752625	T-A	HET
SBS	Chr1	41752633	G-A	HET
SBS	Chr1	679274	C-T	HET
SBS	Chr10	13397231	C-A	HET
SBS	Chr10	920617	C-G	HET
SBS	Chr11	5953536	G-A	HET
SBS	Chr12	16057394	C-T	HET
SBS	Chr12	16716546	C-A	HET
SBS	Chr12	19067694	C-A	HET
SBS	Chr12	19067696	C-T	HET
SBS	Chr3	11053618	A-G	HET
SBS	Chr3	14063611	A-G	HET
SBS	Chr3	20011166	T-A	Homo
SBS	Chr3	7713917	C-T	HET
SBS	Chr4	24094223	T-A	Homo
SBS	Chr4	27920078	A-T	Homo
SBS	Chr4	30230349	C-A	HET
SBS	Chr4	6859011	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g12420
SBS	Chr5	1940125	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g04260
SBS	Chr5	23303592	C-T	HET
SBS	Chr5	25904350	A-G	HET
SBS	Chr5	3678957	C-G	HET
SBS	Chr6	10664073	G-A	HET
SBS	Chr6	4208566	T-G	HET
SBS	Chr7	21595020	T-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os07g36150
SBS	Chr8	10953767	T-C	HET
SBS	Chr8	13069668	A-T	HET
SBS	Chr8	17845289	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g29150
SBS	Chr8	20607539	G-A	HET
SBS	Chr8	23227320	G-A	HET
SBS	Chr8	4366812	A-G	HET
SBS	Chr8	8638721	A-G	HET
SBS	Chr9	17071614	T-C	Homo
SBS	Chr9	17696941	G-A	HET

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Deletion	Chr3	3972141	3972142	1
Deletion	Chr3	4131267	4131275	8
Deletion	Chr8	5935232	5935233	1
Deletion	Chr1	6372374	6372375	1
Deletion	Chr6	10986253	10986255	2
Deletion	Chr10	13117777	13117779	2
Deletion	Chr10	14496026	14496031	5
Deletion	Chr6	15482330	15482484	154
Deletion	Chr2	25555096	25555226	130
Deletion	Chr5	26807373	26807374	1
Deletion	Chr1	42908486	42908488	2

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	26449357	26449357	1
Insertion	Chr4	1943386	1943386	1
Insertion	Chr5	11965623	11965623	1
Insertion	Chr6	18659202	18659202	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	32659264	33203810
Inversion	Chr1	32659277	33203810

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	5248589	Chr1	39255030	2
Translocation	Chr8	5252904	Chr1	39099944	2
Translocation	Chr9	7749089	Chr5	15268435
Translocation	Chr9	7749098	Chr5	15268863
Translocation	Chr11	7846333	Chr6	16078496	2
Translocation	Chr5	17279091	Chr2	11136431	LOC_Os05g29860
Translocation	Chr5	17279093	Chr2	11135897	LOC_Os05g29860
Translocation	Chr11	22753380	Chr2	5999994
Translocation	Chr12	26611652	Chr9	1675479

Main menu